孟浩巍 回复了问题 2018-09-18 15:46

R

问答 Rstudio安装R包时，出现unable to move temporary installation

孟浩巍: 66666666

赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 3 回复

孟浩巍 回复了问题 2018-09-18 14:14

R数据处理

问答 请问一下，R语言环境下，如何在dataframe数据中添加一个key列呢？具体描述见正文

孟浩巍: 那我就给一个R语言的代码吧，比如： [code]> df df a b 1 m 1 2 n 2 3 k 3 4 p 4[/code]那么我们只需要： [code]> key = sprintf("%s.%s",df$a,df$b) > df$key = key > df a b key...

赞同1 反对 0 人感谢 3 评论 4 回复

刘上 回复了问题 2018-09-18 09:09

stringtie

问答 stringtie 得到的gtf 通过DESeq2分析后stringtieID 如何转换成esmbleID

刘上: 这是孟叔图片来源的转录组分析文章，以及自己整理的这篇文章的转录组分析流程

赞同2 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

笨阿牛 回复了问题 2018-09-18 08:42

sra文件解压缩

问答 用ls *sra |while read id; do fastq-dump --split-3 $id;done命令，去解压缩sra文件，出现部分报错是什么原因？

笨阿牛: 已经解决了，用的是aspera

赞同1 反对 0 人感谢 0 评论 3 回复

孟浩巍 回复了问题 2018-09-17 21:43

富集分析

问答 如何计算富集分析里的差异倍数

孟浩巍: 这个东西吧，就是很简单的倍数关系啊。 比如背景值是 2000 / 10000, 你的富集结果 是 900/1000， 所以你的富集倍数是：   就是  （900 * 10000) / (2000 * 1000) = 4.5     

赞同1 反对 1 人感谢 1 评论 1 回复

孟浩巍 回复了问题 2018-09-17 21:13

基因组注释

问答 批量获得基因间区及内含子的突变距离最近的基因外显子的距离

孟浩巍: 如果是在R里面，可以考虑使用GenomicRange这个包（我之前的Bioconductor视频里专门介绍过），里面有一个求距离的函数。   所以你对每个突变位点，对每个gene的每个exon进行求距离，就可以找到最近的exon了。   intron的方式一样，只不过是需要先通过exon来生成int...

赞同1 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

海王坑 回复了问题 2018-09-17 19:53

hmmer lncRNA

问答 请问hemmer是否可以使用转录组搜索HMM库？

海王坑: ###############################谢邀 #hmmer是要用蛋白序列分析的，分析的目的是筛选lncRNA的话，用pfam的数据库  

赞同1 反对 0 人感谢 2 评论 1 回复

minipeach 发起了提问 2018-09-17 18:03

生信问题

问答 基因和染色体，lncRNA，mRNA之间的关系是怎样的？

:

关注问题 1  0  1 评论

tennify 发起了提问 2018-09-17 17:58

差异表达

问答 limma中的Removing heteroscedascity from count data和拟合线性模型是什么意思？

代码如下：   #Removing heteroscedascity from count data v :

关注问题 1  0  0 评论

xsp 回复了问题 2018-09-17 14:03

生信分析 生信问题

问答 关于ceRNA网络构建的后续分析有哪些？

xsp: 看文献啊，pubmed搜你网络里节点类型的关键词（例如mRNA，lncRNA，network），大把的文献可以参考。

赞同1 反对 0 人感谢 1 评论 1 回复

SkiesShawn 发起了提问 2018-09-16 11:23

R Lolliplot

问答 Lolliplot

怎么用GenomicRanges/GRanges实现Lolliplot，进行突变位点的可视化？:

关注问题 1  0  1 评论

pagu 回复了问题 2018-08-27 21:43

没事找事

问答 如何对新建网站进行暴力测试？

pagu: [attach]52[/attach]  

赞同1 反对 0 人感谢 0 评论 11 回复

孟浩巍 回复了问题 2018-09-16 09:53

RNA_seq

问答 请问RNA-seq采用poly A(+)策略建库，处理数据时若不去除rRNA会对后续分析有何影响？

孟浩巍: 不会有什么影响，如果你实验做得好。一般rRNA的比例会在5%以下甚至更低比如1%以下。

赞同1 反对 0 人感谢 1 评论 1 回复

海王坑 回复了问题 2018-09-15 22:17

CHIpseeker

问答 CHIPseeker

海王坑: 好吧 问题已解决 ，重新安装包加载，还给包的作者发了邮件后，竟然收到了回复，很强。

赞同1 反对 0 人感谢 4 评论 1 回复

孟浩巍 回复了问题 2018-09-15 19:28

WGCNA

问答 [求助]WGCNA

孟浩巍: 我简单理解一下你这个问题，你这个问题的是在问，怎么提取blue颜色对应的所有gene对吧？   如果我的理解没有错，那么最后你分析完以后有一个vector是存储了每个gene对应什么颜色，这个vector的长度应该和你的gene list是相同长度的，直接提取即可。    

赞同3 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复