城管大队哈队长 回复了问题 2018-10-13 11:53

基因组组装资料分享

问答 基因组组装

城管大队哈队长: 基因组组装的话，推荐看生信媛公众号，里面徐洲更一直在做基因组组装的工作。

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Xxhong 发起了提问 2018-10-12 20:49

统计

问答 时间依赖的 roc 原理 time-dependent receiver operating characteristic (ROC)

不是很明白这种ROC，我看文献中 时间依赖的 roc  绘制的图与普通roc图没什么区别呀。 求大佬解答，如果有数据例子和图片介绍就很完美了   :

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孟浩巍 回复了问题 2018-10-12 20:02

CDS序列的批量下载

问答 请问一下，如何根据基因名批量下载CDS区的序列？

孟浩巍: 这个问题其实用UCSC genome browser里面的table browser 工具能够非常方便地解决。   [b]第1步，打开 UCSC genome browser里面的table browser；[/b] [url=https://genome.ucsc.edu/]https://gen...

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刘正 发起了提问 2018-10-12 19:38

GATK

问答 求助GATK 说明书

求助GATK 说明书:

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孟浩巍 回复了问题 2018-10-12 17:29

考研

问答 想开始准备考研了，生物工程考生物信息

孟浩巍: 我觉得还是先有目标院校吧~  然后既然是考研，数学估计是考数学甲（高数，线代 ，概率论和数理统计），另外英语可以提前先准备一下。   选择目标院校以后，再说怎么准备吧~ 放心，群里肯定有你目标院校的师兄师姐，到时候问问他们。

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孟浩巍 回复了问题 2018-10-12 17:27

生信分析 二代测序

问答 来自不同project的RNA-Seq数据可以直接合并分析吗？

孟浩巍: 不建议合并，因为还是有batch的因素的。 关于batch effect的内容，我倒是建议你直接读读DESeq2和cuffdiff的原始paper，因为他们在写这个软件的时候，专门考虑过这个问题。

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孟浩巍 回复了问题 2018-10-12 17:26

生信入门 生物信息学

问答 生信问题（我也不知道该怎么问）

孟浩巍: TCGA的样本数据可以下载下来，里面包含了年龄性别什么的，然后这个是自己整理的。

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i_thinking 回复了问题 2018-10-11 16:58

hichip

问答 Hichip得到loop数据如何注释？

i_thinking: 谢谢，孟老师。

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admy 回复了问题 2018-10-11 11:12

生信入门

问答 网页database

admy: [b]送你两个最干最干的干货：[/b]   [list] [*][url]http://www.w3school.com.cn/[/url][/*] [/list]   [list] [*][url]https://www.freecodecamp.org/[/url][/*] [/list]   ...

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fengling 回复了问题 2018-10-10 18:44

生物信息学

问答 关于基因对某种疾病的影响的问题

fengling: 据我了解，一般分两种思路 A、做大数据分析，即：找N个患有此病的人和正常人，分别测一下这个基因是否存在突变。然后对比一下相关性 B、研究一下这个基因的作用和这个疾病的致病机理

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城管大队哈队长 回复了问题 2018-10-10 17:49

htseq

问答 htseqcount和featurecount计数不一样

城管大队哈队长: [attach]309[/attach]  

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minipeach 发起了提问 2018-10-10 17:13

生物信息学

问答 关于cox回归分析问题

请问cox单变量多变量分析是想说明什么问题？:

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elementoK 发起了提问 2018-10-10 11:43

生信入门

问答 tophat报错 & cufflinks安装报错

tophat运行指令如下： [code]nohup tophat2 -p 10 -o ~/desktop/tophat_result/model ~/desktop/mm10/mm10_index ~/desktop/cleandata/mmhcRNA-model.read1_Clean.fastq...:

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孟浩巍 回复了问题 2018-10-10 09:35

R. 芯片

问答 如何针对affy表达谱芯片计算结果分析不同样本之间是否表达差异

孟浩巍: 可以使用limma包，具体参考我之前的视频。   第9次Live上机录像：20180804-如何使用R语言分析生物芯片数据 [url]https://www.bilibili.com/video/av29802900[/url] 主要内容 [list] [*]生物芯片处理流程及方法概览[/*] [...

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灵动的小猪 回复了问题 2018-10-09 14:01

绘图

问答 怎么画snp密度在染色体上的分布图，例图如下

灵动的小猪: 我是使用ggbio画的，可以把位点信息构成一个GenomicRanges的形式的数据，然后用ggbio的函数画图就可以了

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