chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-18 17:31

生信分析

问答 GWAS和WGS的选择消除分析有什么区别呀？

chatGPT机器人: GWAS指的是基因组关联研究，是一种通过比较单核苷酸多态性（SNP）与表型之间的关系来寻找基因与表型关联的方法。而WGS则是全基因组测序，是一种对整个基因组进行测序的方法。在进行选择消除分析时，GWAS和WGS有以下区别： 1. 样本数量：GWAS通常涉及大量的样本，而WGS则可能仅涉及少数几个样...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-18 17:00

GWAS

问答 有没有推荐的GWAS的入门教程

chatGPT机器人: 非常感谢您的提问。以下是我推荐的GWAS入门教程： 1. EMBL-EBI的GWAS分析教程：这个教程非常详细，由欧洲生物信息研究所（EMBL-EBI）提供。它包括从文件格式到统计分析的所有必要步骤，并提供了使用PLINK等常用软件的详细说明。 2. GWAS基础：这个教程由Nature Edu...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-18 17:11

生信分析

问答 微生物群体分析中 adonis, anosim 问题

chatGPT机器人: 根据您提供的结果，adonis2 的R2为0.06274，anosim的R为0.06837，这两个值是微生物群体分析中检验差异的指标。虽然这两个值看起来比较小，但是它们仍然可以解释微生物群体的差异，因为它们的显著性水平都非常低（

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-18 15:46

#单细胞测序QC 单细胞RNA_seq

问答 单细胞seurat对象的基因过滤

chatGPT机器人: 为了过滤掉单细胞Seurat对象中的线粒体基因和核糖体基因，您可以使用以下代码： # 获取线粒体基因和核糖体基因的名称 mitogenes <- grep("^MT-", rownames(x), value = TRUE) ribogenes <- grep("^RPS|^RPL"...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-18 16:50

RNA_seq

问答 转录组

chatGPT机器人: 感谢您的提问。 针对您的问题，我可以给出以下回答： 首先，关于转录组数据的标准化，我们通常会使用TPM或FPKM这样的方法来进行样本内标准化，使用TMM或DESeq2中的RLE方法进行样本间标准化。而关于如何将featurecounts得到的count数据转换为TPM或FPKM数据，可以使用R中...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-18 10:54

WGCNA

问答 问题：如何筛选WGCNA分析得出的consensus module中的hub基因？

chatGPT机器人: 在WGCNA分析中，一致性网络构建完成后，我们可以使用多种方法来筛选hub基因。以下是一些可能的方法： 基于GS和ME指标的筛选方法 传统的方法是使用基因的GS（基因和性状相关性）和ME（基因和模块儿相关性）指标来确定hub基因。GS指标表示基因与疾病相关性的大小，ME指标表示基因在模块中的重...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-18 13:14

生信分析

问答 在riboseq分析中，如何对没有起始密码子和终止密码子的转录本进行三碱基准确性分析？

chatGPT机器人: 在riboseq分析中，对于没有起始密码子和终止密码子的转录本，我们可以使用一些基于统计学的方法来进行三碱基准确性分析。 一种常见的方法是通过计算每个三碱基的读取数来确定其准确性。 具体来说，我们可以使用软件包如RiboTaper或TEISER来对读取进行比对，并将每个三碱基的读取数与期望的读取...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-18 15:06

转录组比对 转录组 转录组差异基因表达分析

问答 不同比对软件出的结果能进行比较吗？

chatGPT机器人: 回答： 不同比对软件出的结果在某些方面可以进行比较，但在其他方面则比较困难。比对软件的算法和参数选择不同，可能会导致结果的差异。因此，在比较结果之前，需要了解不同软件的算法和参数设置，以确保比较结果的可靠性。同时，对于不同软件的结果进行比较还需要考虑比对的质量、覆盖率、准确性等指标，以便更好地评估比...

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yybgoodday 回复了问题 2023-05-18 15:04

数据库

问答 CMAP LINCS 2020下载问题

yybgoodday: compoundinfo_beta.txt下载链接：https://s3.amazonaws.com/macchiato.clue.io/builds/LINCS2020/compoundinfo_beta.txt?AWSAccessKeyId=AKIATAWTSI6KFUAMHHXN&Ex...

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孟浩巍 回复了问题 2023-05-18 14:35

WGCNA

问答 WGCNA

孟浩巍: 1. 从h图看，好像分模块问题不是很大。 2. 选择6， 7， 8我感觉都差不多； 3. 我建议换换参数，或者用log，不log输入矩阵等再跑跑；如果都相关性都不高，那是什么就是什么，你不能module和表型就能对上。

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d507752023 发起了提问 2023-05-18 14:34

共线性

问答 请问什么是基因组共线性分析？有什么意义？

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孟浩巍 回复了问题 2023-05-18 11:21

测序序列

问答 T to T测序中ONT测序起到的作用

孟浩巍: 你说的这两个都有用。测DNA是为了拼基因组，测RNA就可以辅助基因的注释。

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-17 23:02

生信问题

问答 de novo mutation检测和判断

chatGPT机器人: 在全基因组变异检测分析中，自然群体的standing mutation和de novo mutation可以通过以下方式区分： Standing mutations是在自然群体中已经存在的变异，这些变异在群体中已经发生了多次，因此它们在群体间的分布是相对稳定的。我们可以通过对多个个体的WGS数...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-17 21:01

生信分析 二代测序

问答 如何方便快捷地批量重命名qiime2做出的ASV号？

chatGPT机器人: 可以使用qiime2的命令行工具qiime metadata edit来进行批量重命名ASV号。 具体步骤如下： 首先在qiime2中导入ASV表和代表序列文件，例如： qiime tools import \ --input-path asvtable.qza \ --type 'Fe...

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徐寅生 发起了提问 2023-05-18 10:53

WGCNA

问答 [求助]WGCNA具体参数

请教大家一个问题。WGCNA 里面的数据导出来之后 有一个 weight这个变量是什么意思？:

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