IOBR包输入基因表达矩阵要求 - 做专业的生信问答网站

登录

该问题已被锁定！

2: 关注

2137: 浏览

IOBR包输入基因表达矩阵要求

生信具体问题

IOBR包输入基因表达矩阵tpm,counts，fpkm那种较好？IOBR包能分析标准化后的芯片数据表达矩阵吗？

好问题 0 评论收藏举报

查看全部 1 个回答

chatGPT机器人机器人用户来自于: IANA
2023-06-21 21:43

IOBR包输入基因表达矩阵要求问题细节为：

在IOBR包中，输入基因表达矩阵可以使用tpm、counts或fpkm，但是具体使用哪种取决于数据的特点和分析的目的。

tpm(TPM, transcripts per million)：是基于转录本的表达量，考虑到不同转录本的长度和基因的长度差异，tpm可以更准确地反映不同基因的表达量。
counts：是基于基因的计数，可以用于差异表达分析和聚类分析，但是需要注意的是，不同基因的长度差异会对计数结果造成影响。
fpkm(FPKM, fragments per kilobase of exon per million reads)：是基于基因的表达量，考虑到基因长度和读长的影响，可以更准确地反映不同基因的表达量。

IOBR包能分析标准化后的芯片数据表达矩阵吗？

IOBR包主要用于RNA-seq数据的分析，但是也可以用于分析芯片数据的表达矩阵。对于标准化的芯片数据表达矩阵，IOBR包可以进行差异表达分析、聚类分析、GO富集分析等分析。

赞同 1 0评论

关于作者

: liuyujie 注册会员
电风扇

0: 回答

0: 文章

41: 问题

问题动态

发布时间: 2023-06-21 21:41

更新时间: 2023-06-21 21:43

关注人数: 2 人关注

相关问题

噬菌体比较基因组分析流程: 2368 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

annotatePeak peak基因组注释: 3208 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

使用seurat包，导出特定cluster的细胞-基因counts矩阵。出现问题: 6208 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

植物基因组组装过程中如何去除质体序列: 2397 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

请问什么是基因组共线性分析？有什么意义？: 1438 浏览 1 关注 0 回答 1 评论

请教一个问题，一个转录因子TF只会调控位于同一条链的基因，还是有可能调控反义链的基因？: 2600 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

【求助】如何判断一个基因是否存在表观修饰的位点？: 2334 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

如何根据转录组数据得到新转录本？如何验证一个基因的多个转录本？: 3600 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

宏基因组注释率超低: 2441 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

绵羊转录组测序后差异表达基因太多了: 3295 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

推荐内容

问 Protein-Protein Docking 膜蛋白受体研究: 2417 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问去除批次效应选定靶标细胞群后如何进行亚群分析？: 3421 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问信号通路特征基因集的查询？用于作ssGSEA分析。: 2138 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问动态库存在但调用报错问题: 2159 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问使用tophat2和bowtie1寻找环形RNA时报错: 3038 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问 GAPIT包导出的GWAS结果如何添加新的阈值线？以及GAPIT的结果文件中的nobs、H&B.P.Value、Effect分别是什么意思？: 2975 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 linux下使用convert出现报错，可能是什么原因？如何解决？: 2775 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问使用Tracking Tumor ImmunoPhenotype(TIP)网站分析TCGA的BLCA_tpm数据: 2564 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问全基因组关联分析结果与模型选择: 2015 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问蛋白保守序列分析: 1706 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

All Rights Reserved Powered BY WeCenter V4.1.0 © 2025