绵羊转录组测序后差异表达基因太多了 - 做专业的生信问答网站

登录

该问题已被锁定！

2: 关注

2268: 浏览

绵羊转录组测序后差异表达基因太多了

转录组差异基因表达分析

一、参考基因组：https://hgdownload.soe.ucsc.edu/goldenPath/oviAri4/bigZips/oviAri4.fa.gz
二、GTF：https://hgdownload.soe.ucsc.edu/goldenPath/oviAri4/bigZips/genes/oviAri4.ncbiRefSeq.gtf.gz
三、hisat2 构建INDEX流程：
1.hisat2_extract_exons.py oviAri4.ncbiRefSeq.gtf > oviAri4.ncbiRefSeq.gtf.exon 2.hisat2_extract_splice_sites.py oviAri4.ncbiRefSeq.gtf > oviAri4.ncbiRefSeq.ss &
3.hisat2-build -p 6 --exon oviAri4.ncbiRefSeq.gtf.exon#提取外显子# --ss oviAri4.ncbiRefSeq.ss#提取剪切位点# oviAri4.fa#参考基因组# oviAri4.fa_ex_ss.gtf > hisat2_build.log 2>&1 &

四、DESeq2得到差异表达基因后，log2foldchange的绝对值> 1 同时padj值小于0.05的筛选条件，共获得了5552个差异表达基因。

想请问一下这么多的差异表达基因可以改筛选条件么？

好问题 0 评论收藏举报

查看全部 2 个回答

孟浩巍超级管理员用户来自于: 北京市
2023-06-14 22:06

你可以画一个MA plot看看，然后再画一个火山图看看这些差异基因的分布。

另外就是，可以增加表达量的筛选，就是ctrl和treatment样品中至少有1个样品是FPKM>1的。或者其他筛选表达量的条件。

赞同 1 0评论

关于作者

: yzx2023 注册会员
这家伙很懒，还没有设置简介

0: 回答

0: 文章

4: 问题

问题动态

发布时间: 2023-06-12 21:56

更新时间: 2023-06-14 22:06

关注人数: 2 人关注

相关问题

如何针对affy表达谱芯片计算结果分析不同样本之间是否表达差异: 1130 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

获取所有基因的转录起始位点（TSS）: 2557 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

在很多分析表达谱芯片的教程中，使用limma 包寻找差异表达基因，都是先找到差异表达探针，再把探针注释为基因id，为何不先进行注释再计算差异表达呢？这两种方法有什么区别呢？: 1400 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

H3K27me3这种宽peak怎么找差异？: 1414 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

二代转录组去除批次效应: 2470 浏览 2 关注 3 回答 0 评论

差异可变剪接分析工具--rMATS-结果分析: 1677 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

转录组数据样本聚类结果不理想: 1654 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

芯片数据的批次效应对差异表达基因的计算结果影响大不大？: 1352 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

RNA-seq不同样本多个生物学重复不同处理条件下的如何找差异基因: 1627 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

转录组定量结果为0: 3288 浏览 2 关注 3 回答 0 评论

推荐内容

问转录组: 1472 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 Bulk-RNAseq多组数据差异表达基因的筛选: 1901 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问普通转录组的跨物种分析: 1923 浏览 1 关注 2 回答 0 评论

问不同比对软件出的结果能进行比较吗？: 1324 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问进行转录组数据分析时，进行cuffdiff后的输出文件gene_exp.diff中，一个基因出现了两个不同的表达量数据，应该如何处理？: 1213 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问转录组: 1780 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问肿瘤亚型分析: 1453 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问为什么差异基因分析会出现被KO的基因log2FC的数值大于1的情况: 1829 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 ciriRNA表达量如何计算？（更）: 1314 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问基因表达: 1358 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

All Rights Reserved Powered BY WeCenter V4.1.0 © 2025