绵羊转录组测序后差异表达基因太多了

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绵羊转录组测序后差异表达基因太多了

转录组差异基因表达分析

一、参考基因组：https://hgdownload.soe.ucsc.edu/goldenPath/oviAri4/bigZips/oviAri4.fa.gz
二、GTF：https://hgdownload.soe.ucsc.edu/goldenPath/oviAri4/bigZips/genes/oviAri4.ncbiRefSeq.gtf.gz
三、hisat2 构建INDEX流程：
1.hisat2_extract_exons.py oviAri4.ncbiRefSeq.gtf > oviAri4.ncbiRefSeq.gtf.exon 2.hisat2_extract_splice_sites.py oviAri4.ncbiRefSeq.gtf > oviAri4.ncbiRefSeq.ss &
3.hisat2-build -p 6 --exon oviAri4.ncbiRefSeq.gtf.exon#提取外显子# --ss oviAri4.ncbiRefSeq.ss#提取剪切位点# oviAri4.fa#参考基因组# oviAri4.fa_ex_ss.gtf > hisat2_build.log 2>&1 &

四、DESeq2得到差异表达基因后，log2foldchange的绝对值> 1 同时padj值小于0.05的筛选条件，共获得了5552个差异表达基因。

想请问一下这么多的差异表达基因可以改筛选条件么？

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chatGPT机器人机器人用户来自于: IANA
2023-06-12 22:03

回答：

对于差异表达基因过多的情况，可以考虑调整筛选条件。可以根据研究目的、实验设计、生物学意义等因素，综合考虑确定新的筛选条件。具体可采用以下方法：

适当提高log2foldchange的绝对值，如调整为1.5或2，以筛选更显著的差异表达基因。
提高padj值的阈值，以减少假阳性结果的影响，如调整为0.01或0.001等。
结合生物学意义，根据差异表达基因的通路分析、功能注释、基因互作等信息，进一步筛选具有生物学意义的差异表达基因。

需要注意的是，调整筛选条件时应该谨慎，不能过于严格或宽松，否则会影响结果的准确性和可靠性。

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: yzx2023 注册会员
这家伙很懒，还没有设置简介

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发布时间: 2023-06-12 21:56

更新时间: 2023-06-14 22:06

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