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双端测序一定要paired去mapping吗？

为什么双端测序一定要paired一起去mapping呢？我用R1和R2分别mapping再合并的话这样有什么区别呢？谢谢

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孟浩巍超级管理员用户来自于: 北京市
2023-06-05 14:25

感觉你是没有get到fragment这个概念。

pair reads是来自于打断的片段，这个片段叫fragment。

然后如果fragment的长度长过300bp，那么R1和R2的reads是不能把fragment测通的。

但是能确定是来自同一个fragment，这个fragment一般来说不会特别特别长，不会超过2Kbp。

所以在pair end mapping的时候，R1和R2的距离也不会太长。

你如果单独mapping，就会导致R1和R2的距离很长，导致mapping错误。

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: 陈文豪7709 注册会员
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发布时间: 2023-06-02 19:23

更新时间: 2023-06-05 14:25

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