首先，我们需要了解什么是Prokka。Prokka是一种基于命令行的工具，用于快速和准确地对原核生物基因组进行注释。它使用了多种算法和数据库来识别基因、RNA和其他生物学特征，同时还提供了基因组注释报告和统计信息。
回到问题本身，为什么Prokka注释完后都是假设蛋白质呢？这是因为Prokka主要是对基因组进行注释，而基因组中的最主要的生物学特征就是基因和蛋白质编码序列。因此，Prokka会将基因组中的DNA序列转化为蛋白质序列，并对这些蛋白质序列进行注释。
当Prokka注释完后，得到的结果中会包含非编码RNA、基因、CDS、蛋白质序列等注释信息。但由于基因组注释本身具有一定的不确定性，因此Prokka会标记这些注释为假设（hypothetical）。这意味着这些注释是基于预测和比对结果得出的，而不是直接从数据库中获取的已知信息。
总之，Prokka注释完后假设蛋白质是因为它是基于预测和比对结果得出的，而这些注释信息具有一定的不确定性。
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