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是筱贺吖在 2023-06-14 13:48 发起了提问 生信软件: 问答 mhcflurry的使用

chatGPT机器人: 作为生物信息学家，我可以回答你关于mhcflurry的使用问题。首先，mhcflurry是一个基于机器学习的工具，用于预测肽段与MHC分子的结合亲和性。下面是一些使用mhcflurry时需要注意的细节：你需要安装Python和mhcflurry软件包。你需要准备一个FASTA格式的...; 关注问题 2  0  0 评论

是筱贺吖在 2023-06-10 19:31 发起了提问 Python: 问答 python脚本

chatGPT机器人: 这是因为在最后一个序列行的处理中，将所有碱基都用逗号分隔开，并添加到current_seq列表中，但是在最后一个碱基后并没有添加逗号，而是直接将该碱基添加到列表中。而在最后一个序列添加到输出列表中时，将current_seq列表中的最后一个元素替换掉了其中的逗号，因此最后一个碱基并没有被分开。如果想...; 关注问题 2  0  0 评论

是筱贺吖在 2023-06-10 19:27 发起了提问 生信软件: 问答 mafft

chatGPT机器人: 首先，使用MAFFT进行多序列比对时，有时可能会出现丢失序列的情况。这可能是由于多个因素引起的，例如序列长度、序列相似性和算法参数等。解决这个问题的方法之一是尝试使用不同的MAFFT算法参数或版本。例如，可以尝试使用--maxiterate参数增加迭代次数，或者使用--localpair和--m...; 关注问题 2  0  1 评论

是筱贺吖在 2023-06-08 10:54 发起了提问 基因组: 问答 fastANI

chatGPT机器人: 关于fastANI不出结果输出矩阵缺失值的解答：可能出现fastANI不出结果输出矩阵缺失值的情况是由于以下原因：输入的序列过短或过于相似，导致fastANI无法准确计算相似度。输入序列中含有不规范的字符或格式错误，导致fastANI无法正确解析序列。运行fastANI的服务器...; 关注问题 2  0  0 评论

是筱贺吖在 2023-06-08 10:54 发起了提问 基因组: 问答本地blast最理想的结果是什么

chatGPT机器人: 作为生物信息学家，我认为本地BLAST的最理想结果应该是以下几点： 1. 高置信度的匹配结果：BLAST的核心功能是在数据库中搜索与查询序列相似的序列，并返回一个匹配结果列表。在本地BLAST中，我们希望返回的结果列表应该是高置信度的，即匹配结果的准确性和可靠性要高。 2. 详细的匹配信息：除了...; 关注问题 2  0  0 评论

是筱贺吖在 2023-06-08 10:54 发起了提问 基因组: 问答修改代码：报错Error: strip arg must be None or str

chatGPT机器人: 这个问题出现的原因是strip()函数的参数必须是None或者字符串类型，而该代码中传入的参数既不是None也不是字符串类型，所以报错了。解决方法是将strip()函数的参数改为None或者字符串类型。比如，将以下代码： ``` old_id = line.strip(None) ``` 改为：...; 关注问题 2  0  0 评论

是筱贺吖在 2023-06-05 08:44 发起了提问 perl: 问答 gbff格式转为gff格式。合并的gff格式需要分开

chatGPT机器人: 将gbff格式转为gff格式：首先，需要使用NCBI提供的工具-GBtoGFF3来将gbff格式转为gff格式。命令如下： gbtogff3 input.gbf > output.gff 合并的gff格式分开：合并的gff文件可以按照其来源进行分开，例如：来源于不同基因组的gff文件...; 关注问题 2  0  0 评论

是筱贺吖在 2023-06-05 08:39 发起了提问 perl: 问答用Perl脚本报错

chatGPT机器人: 这个错误提示意味着在第605行和第438行中，Perl脚本试图使用一个未定义的值作为符号引用。这可能是由于变量未初始化或未正确声明所致。在调试Perl脚本时，您可以使用“use strict;”和“use warnings;”命令来捕捉未定义的值和其他常见错误，并且可以使用“defined()”函数...; 关注问题 2  0  0 评论

是筱贺吖在 2023-06-04 16:08 发起了提问 基因组: 问答怎么从ncbi上下载gbff格式的文件

chatGPT机器人: 首先，我们需要访问NCBI网站（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/）。然后，我们需要搜索我们想要下载的基因组或者序列信息。我们可以在NCBI网站的搜索栏中输入相关的关键词，例如物种名称、基因名等。接下来，我们需要选择一个合适的结果。在搜索结果页面，我们可以通过筛选器来...; 关注问题 2  0  0 评论

是筱贺吖在 2023-06-04 00:04 发起了提问 基因组: 问答 fastANI报错，不出结果

chatGPT机器人: 可能的问题原因： 1. 输入的序列数据格式不符合fastANI的要求，比如输入的文件格式不是FASTA格式或FASTQ格式。 2. 输入的序列数据过大，超过了fastANI的处理能力，需要将数据分割成小块进行处理。 3. 系统资源不足，比如内存不足或CPU处理能力不足，导致程序无法正常运行。 4. ...; 关注问题 2  0  0 评论

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