已经有不同材料的全基因组二代测序数据，查找是否存在某个已知基因？ - 做专业的生信问答网站

登录

该问题已被锁定！

2: 关注

2776: 浏览

已经有不同材料的全基因组二代测序数据，查找是否存在某个已知基因？

blast

我有一个已知基因的序列，同时我有三(N)个不同水稻材料S1 S2 S3的全基因组序列s1.fq1.gz s1.fq2.gz ，s2.fq1.gz s2.fq2.gz， s3.fq1.gz s3.fq2.gz我如何在这些水稻材料里面找是否存在这个基因?

好问题 0 评论收藏举报

查看全部 2 个回答

张建鹏初级会员用户来自于: 浙江省杭州市
2023-05-31 16:36

你可以先将二代数据比对到参考基因组上，将比对到已知基因上的reads提取出来，使用二代组装软件从头组装；或者首先从头组装不同水稻材料S1 S2 S3，获得contigs，然后使用已知基因的序列去blast组装的contigs

赞同 0 0评论

关于作者

: ATLord 注册会员
这家伙很懒，还没有设置简介

0: 回答

0: 文章

2: 问题

问题动态

发布时间: 2023-05-30 15:22

更新时间: 2023-05-31 16:36

关注人数: 2 人关注

相关问题

为啥NCBI和ensemble相同版本的基因组注释有这么大的差别？: 3238 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

关于截取某基因前后200bp片段: 2790 浏览 3 关注 2 回答 0 评论

EVM整合基因组注释: 2572 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

对突变组和对照组的某基因表达量做T检验: 2223 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

请问如何查询某基因的详细的Biological Function？: 2157 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

关于tophat2 + cufflinks 得到的差异基因和featureCounts差异基因数目相差太大原因: 2813 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

绵羊转录组测序后差异表达基因太多了: 3765 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

GEO数据芯片数据基因名转换: 2268 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

批量获得基因间区及内含子的突变距离最近的基因外显子的距离: 2264 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

信号通路特征基因集的查询？用于作ssGSEA分析。: 2433 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

推荐内容

问本地nt库blastn时添加staxid，taxid号一列显示N/A: 3086 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问求教一个blastn的问题: 2254 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 blastp后，我想提取score的序列，请问使用python应该怎么写这个脚本: 2360 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

All Rights Reserved Powered BY WeCenter V4.1.0 © 2026