HHblits使用相同的数据库，得出的结果明显差于HHpred网页版的结果。该如何使用HHsuite命令行得到与网页端类似的效果 - 做专业的生信问答网站

登录

该问题已被锁定！

2: 关注

2146: 浏览

HHblits使用相同的数据库，得出的结果明显差于HHpred网页版的结果。该如何使用HHsuite命令行得到与网页端类似的效果

生信问题

如题。

同样一条序列，使用HHblits在PDB70数据库中比对，无法得出高质量的比对，使用hhsearch也得出同样的结果。

但使用网页端的HHpred就可以注释出来。

并且我手动确认了，网页端HHpred注释出的domain id在我本地运行hhblits所用的pdb70数据库中存在。

但是它就是比对不出来。查看github官方文档也没有提到具体该如何使用HHsuite去复现HHpred的结果。

故来此请教该如何使用命令行版本的HHsuite，实现与网页端HHpred相同或类似的比对效果。

好问题 0 评论收藏举报

查看全部 2 个回答

孟浩巍超级管理员用户来自于: 北京市
2023-05-26 19:57

我有几个建议：

去读一下官网的mannual，然后看看是否有不同；
提交的时候，看看有没有暴露后端提交的代码，因为网页版本质上还是命令行计算，看看他们的参数怎么设置的。
实在不行，写邮件给作者。

赞同 0 0评论

关于作者

: 聪明的生信汪 注册会员
这家伙很懒，还没有设置简介

0: 回答

0: 文章

1: 问题

问题动态

发布时间: 2023-05-26 18:21

更新时间: 2023-05-26 19:57

关注人数: 2 人关注

相关问题

qpAdm结果解读: 1433 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

VCONTACT2的结果文件genome_by_genome_overview如何进行统计分类: 1242 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

全基因组关联分析结果与模型选择: 1154 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

samtools view筛选cellranger比对结果: 1204 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

htseq使用出现故障: 1172 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

linux系统中使用fastqc报错: 2168 浏览 3 关注 3 回答 0 评论

使用seurat包，导出特定cluster的细胞-基因counts矩阵。初始数据命名为pbmc: 1547 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

ASR祖先序列重建，最后一步使用PAML时出现一些问题: 2182 浏览 1 关注 3 回答 0 评论

WES数据下游分析和可视化结果展示: 1921 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

双端测序的sra文件，经过fastq-dump --split-3，出现3个结果是什么原因？如下图: 1240 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

推荐内容

问 RNA Seq中什么样的reads是chimeric reads？是不是多数的chimeric reads都是circRNA的？: 1252 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问关于ceRNA网络构建的后续分析有哪些？: 1031 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 3D基因组里compartment里一般是包含好多TAD的，但这图为什么compartment数量比TAD多这么多呢: 1418 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问不同样品中寻找特异的OTU: 1456 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问如何根据Datamonkey中FUBAR的结果计算该基因的dn/ds值: 1681 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问启动子染色质开放性: 1704 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问 Ancestry_hmm: 440 浏览 1 关注 0 回答 0 评论

问 grep 能不能指定匹配第多少列？: 1467 浏览 3 关注 2 回答 1 评论

问使用lapa进行APA分析: 1255 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问链特异性文库（mRNA/lncRNA/circRNA）如何将RNA类型分开？: 1178 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

All Rights Reserved Powered BY WeCenter V4.1.0 © 2025