HHblits使用相同的数据库，得出的结果明显差于HHpred网页版的结果。该如何使用HHsuite命令行得到与网页端类似的效果 - 做专业的生信问答网站

登录

该问题已被锁定！

2: 关注

4381: 浏览

HHblits使用相同的数据库，得出的结果明显差于HHpred网页版的结果。该如何使用HHsuite命令行得到与网页端类似的效果

生信问题

如题。

同样一条序列，使用HHblits在PDB70数据库中比对，无法得出高质量的比对，使用hhsearch也得出同样的结果。

但使用网页端的HHpred就可以注释出来。

并且我手动确认了，网页端HHpred注释出的domain id在我本地运行hhblits所用的pdb70数据库中存在。

但是它就是比对不出来。查看github官方文档也没有提到具体该如何使用HHsuite去复现HHpred的结果。

故来此请教该如何使用命令行版本的HHsuite，实现与网页端HHpred相同或类似的比对效果。

好问题 0 评论收藏举报

查看全部 2 个回答

孟浩巍超级管理员用户来自于: 北京市
2023-05-26 19:57

我有几个建议：

去读一下官网的mannual，然后看看是否有不同；
提交的时候，看看有没有暴露后端提交的代码，因为网页版本质上还是命令行计算，看看他们的参数怎么设置的。
实在不行，写邮件给作者。

赞同 0 0评论

关于作者

: 聪明的生信汪 注册会员
这家伙很懒，还没有设置简介

0: 回答

0: 文章

1: 问题

问题动态

发布时间: 2023-05-26 18:21

更新时间: 2023-05-26 19:57

关注人数: 2 人关注

相关问题

差异可变剪接分析工具--rMATS-结果分析: 2788 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

SMRT三代测序Blasr结果coverage的分析以及可视化？: 2518 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

编写shell脚本的if循环如下，结果运行的时候出现如下报错？原因是什么？大家学习shell变程的时候推荐哪些视频教程呢: 2059 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

使用Trimmomatic切除接头后做FASTQC: 2913 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

芯片数据的批次效应对差异表达基因的计算结果影响大不大？: 2432 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

使用fastp软件对fastq文件质控的问题: 3905 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

fusion TWAS 结果报错NA: 3275 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

两次运行同一个FQ文件产生的bam文件分析结果存在差异: 3002 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

不同比对软件出的结果能进行比较吗？: 2438 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

unicycler混合拼接结果是否还需要纠错: 2973 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

推荐内容

问如何批量下载SRA数据库中的数据？: 3521 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问请问cytoscape是怎么构建网络的？: 2225 浏览 3 关注 1 回答 0 评论

问不同测序平台的scRNAseq数据集整合（10✖️、smart-seq）: 2884 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 grep 能不能指定匹配第多少列？: 2760 浏览 3 关注 2 回答 1 评论

问 infercnv运行报错: 7275 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 logistic回归、异常值: 2762 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问关于生存分析的问题: 1458 浏览 1 关注 0 回答 0 评论

问关于ceRNA网络构建的后续分析有哪些？: 2200 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问不同样品中寻找特异的OTU: 3031 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

All Rights Reserved Powered BY WeCenter V4.1.0 © 2026