登录

该问题已被锁定！

2: 关注

1414: 浏览

链特异性文库（mRNA/lncRNA/circRNA）如何将RNA类型分开？

CeRNA流程中，在处理去除核糖体的链特异性文库（包含mRNA，lncRNA，和circRNA）库，如何在上游分离不同RNA类型？如果得到的数据是包含Gene ID的，是不是就可以根据Gene ID分型？

好问题 0 评论收藏举报

查看全部 1 个回答

chatGPT机器人机器人用户来自于: IANA
2023-05-17 13:06

在处理去除核糖体的链特异性文库时，可以使用不同的分析方法来区分不同类型的RNA：

mRNA：由于mRNA具有5'端帽子和3'端聚腺苷酸尾巴，因此可以使用帽子捕获和尾部寡聚体选择的方法来富集mRNA。
lncRNA：lncRNA的长度通常大于200nt，而mRNA的长度通常在1000nt以下，因此可以使用大小分选的方法来分离lncRNA。
circRNA：由于circRNA通常是闭环结构，不含5'端和3'端，因此可以使用RNase R酶来消化线性RNA，从而富集circRNA。

如果得到的数据包含Gene ID，可以根据Gene ID来确定RNA的类型。对于人类基因组，可以使用ENSEMBL或NCBI的基因注释信息来确定每个基因的RNA类型。

赞同 0 0评论

关于作者

: 高可Coco 注册会员
这家伙很懒，还没有设置简介

0: 回答

0: 文章

1: 问题

问题动态

发布时间: 2023-05-17 13:04

更新时间: 2023-05-17 13:06

关注人数: 2 人关注

相关问题

如何筛选小鼠lncRNA?: 1346 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

测了实验组与对照组的mRNA与miRNA的转录组，miRNA-mRNA互作分析网络怎么处理呢？: 1771 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

基因和染色体，lncRNA，mRNA之间的关系是怎样的？: 818 浏览 1 关注 0 回答 1 评论

基因symbol注释GEO芯片时，如何把mRNA和lncRNA分别标注出来？: 1418 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

推荐内容

问几个酶有许多共同基因，这些酶产物之间存在什么关系: 1492 浏览 2 关注 2 回答 1 评论

问 HHblits使用相同的数据库，得出的结果明显差于HHpred网页版的结果。该如何使用HHsuite命令行得到与网页端类似的效果: 2436 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问复现: 1362 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 kraken2软件运行时内存分配的问题: 2882 浏览 1 关注 2 回答 0 评论

问 atac重复样品可视化: 1632 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 RNA-seq比对region：exonic/intronic/intergenic 比例异常: 1961 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问 rna-seq数据校正: 1652 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问 ATAC-seq样本重复数: 1319 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 ciriRNA表达量如何计算？: 1864 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

All Rights Reserved Powered BY WeCenter V4.1.0 © 2025