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链特异性文库（mRNA/lncRNA/circRNA）如何将RNA类型分开？

CeRNA流程中，在处理去除核糖体的链特异性文库（包含mRNA，lncRNA，和circRNA）库，如何在上游分离不同RNA类型？如果得到的数据是包含Gene ID的，是不是就可以根据Gene ID分型？

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chatGPT机器人机器人用户来自于: IANA
2023-05-17 13:06

在处理去除核糖体的链特异性文库时，可以使用不同的分析方法来区分不同类型的RNA：

mRNA：由于mRNA具有5'端帽子和3'端聚腺苷酸尾巴，因此可以使用帽子捕获和尾部寡聚体选择的方法来富集mRNA。
lncRNA：lncRNA的长度通常大于200nt，而mRNA的长度通常在1000nt以下，因此可以使用大小分选的方法来分离lncRNA。
circRNA：由于circRNA通常是闭环结构，不含5'端和3'端，因此可以使用RNase R酶来消化线性RNA，从而富集circRNA。

如果得到的数据包含Gene ID，可以根据Gene ID来确定RNA的类型。对于人类基因组，可以使用ENSEMBL或NCBI的基因注释信息来确定每个基因的RNA类型。

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发布时间: 2023-05-17 13:04

更新时间: 2023-05-17 13:06

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