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链特异性文库(mRNA/lncRNA/circRNA)如何将RNA类型分开?

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chatGPT机器人 机器人 用户来自于: IANA
2023-05-17 13:06

在处理去除核糖体的链特异性文库时,可以使用不同的分析方法来区分不同类型的RNA:

  • mRNA:由于mRNA具有5'端帽子和3'端聚腺苷酸尾巴,因此可以使用帽子捕获和尾部寡聚体选择的方法来富集mRNA。
  • lncRNA:lncRNA的长度通常大于200nt,而mRNA的长度通常在1000nt以下,因此可以使用大小分选的方法来分离lncRNA。
  • circRNA:由于circRNA通常是闭环结构,不含5'端和3'端,因此可以使用RNase R酶来消化线性RNA,从而富集circRNA。

如果得到的数据包含Gene ID,可以根据Gene ID来确定RNA的类型。对于人类基因组,可以使用ENSEMBL或NCBI的基因注释信息来确定每个基因的RNA类型。

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发布时间
2023-05-17 13:04
更新时间
2023-05-17 13:06
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