问题是这样的，我进行无参转录组分析，前期已经利用kallisto获得了每个unigene的eff_length、est_count、tpm的相关值。
1.因为有些原因，我不能利用sleuth进行下游的差异基因表达分析。同时我也不能利用DESeq进行差异基因表达分析（因为，我的实验中，表达丰度的衡量必须考虑unigene长度的问题）。
2.所以，我想问一下各位大佬，有什么软件，仅仅利用每个样本的所有tpm，就能得到差异基因。
大概就是下图这样的数据格式，分为对照组与实验组，每个组有3个重复。
[attach]266[/attach]
其实，我看过孟大佬在以往讲课的时候，直接利用FPKM用R就处理了。但是当时是例子，没有重复，怪我统计学底子差，不知道不借助DESeq、sleuth这样的软件怎么计算qval这种值。
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