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知道一批基因的具体位置，如何批量的从基因组中取出基因序列？

从基因组上获取序列

Chr1 28552 28655 ath-MIR838 255 + Chr1 78931 79030 ath-MIR165a 255 - Chr1 234016 234146 ath-MIR2112 255 - Chr1 1653220 1653624 ath-MIR5640 255 - Chr1 1727262 1727415 ath-MIR5656 255 +如上面信息，知道基因的染色体，和在染色体上的开始结束位置，如何取出基因组上对应位置的碱基序列？

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城管大队哈队长初级会员用户来自于: 中国
2018-09-19 21:09

制作成bed文件，用bedtools的getfasta即可。楼主你的文件应该就是bed格式了。改个bed后缀直接用就行。

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关于作者

: restpop 注册会员
这家伙很懒，还没有设置简介

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发布时间: 2018-09-19 20:27

更新时间: 2018-09-19 21:09

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