知道一批基因的具体位置，如何批量的从基因组中取出基因序列？ - 做专业的生信问答网站

登录

该问题已被锁定！

3: 关注

1975: 浏览

知道一批基因的具体位置，如何批量的从基因组中取出基因序列？

从基因组上获取序列

Chr1 28552 28655 ath-MIR838 255 + Chr1 78931 79030 ath-MIR165a 255 - Chr1 234016 234146 ath-MIR2112 255 - Chr1 1653220 1653624 ath-MIR5640 255 - Chr1 1727262 1727415 ath-MIR5656 255 +如上面信息，知道基因的染色体，和在染色体上的开始结束位置，如何取出基因组上对应位置的碱基序列？

好问题 0 评论收藏举报

查看全部 2 个回答

城管大队哈队长初级会员用户来自于: 中国
2018-09-19 21:09

制作成bed文件，用bedtools的getfasta即可。楼主你的文件应该就是bed格式了。改个bed后缀直接用就行。

赞同 2 0评论

关于作者

: restpop 注册会员
这家伙很懒，还没有设置简介

0: 回答

0: 文章

1: 问题

问题动态

发布时间: 2018-09-19 20:27

更新时间: 2018-09-19 21:09

关注人数: 3 人关注

相关问题

基因组组装: 2161 浏览 4 关注 3 回答 0 评论

由cutesv流程鉴定到的SV有特别多的缺失基因型: 1555 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

老铁们，我想问下，如果homer找到了motif1，那我有可能反过来知道哪些peak含有motif1么。: 1253 浏览 0 关注 1 回答 0 评论

单细胞seurat对象的基因过滤: 4695 浏览 1 关注 3 回答 0 评论

WGCNA筛选到感兴趣的模块后，如何找这个模块的hub基因呢？: 1905 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

信号通路特征基因集的查询？用于作ssGSEA分析。: 1589 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

表达谱芯片的类型及每种类型能够测定的基因数量如何查询？有没有网站进行过总结？: 1335 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

生信问题（我也不知道该怎么问）: 2124 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

如果在基因组中鉴定到病毒序列，如何从生信角度判断它是EVEs还是HGTs: 1484 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

使用MAS5.0处理过的芯片数据，能不能直接取对数后用limma包找差异表达基因，为什么不能？: 1726 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

All Rights Reserved Powered BY WeCenter V4.1.0 © 2025