耐药细菌的比较基因组分析流程和机制探索

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annotatePeak peak基因组注释

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全基因组关联分析结果与模型选择

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如何根据现有序列找到它们在三代基因组的编号

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根据已知序列查找其第三代基因组编号

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如何计算碱基偏好性？

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在riboseq分析中，如何对没有起始密码子和终止密码子的转录本进行三碱基准确性分析？

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3D基因组里compartment里一般是包含好多TAD的，但这图为什么compartment数量比TAD多这么多呢

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请问什么是基因组共线性分析？有什么意义？

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第二代测序碱基出错偏向的原因是什么 为什么第二代测序碱基出错主要以替换为主 稀有碱基会影响测序吗

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问 安捷伦（Agilent）的数据处理软件Feature Extraction Software的默认的数据标准化的算法是什么？最后得到的值是否做了log2处理？是否是RMA或者MASS的一种？

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问 在很多分析表达谱芯片的教程中，使用limma 包寻找差异表达基因，都是先找到差异表达探针，再把探针注释为基因id，为何不先进行注释再计算差异表达呢？这两种方法有什么区别呢？

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问 求助 limma计算DEG最后结果中的调整p值没有小于0.01的怎么办。。。

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问 表达谱芯片的类型及每种类型能够测定的基因数量如何查询？有没有网站进行过总结？

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问 芯片数据的批次效应 对 差异表达基因的计算结果 影响大不大？

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问 Affy包中的MAplot函数的作用是什么？画出的MAplot图如何解读？为何要进行MAplot检查？

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问 基因表达芯片的分类问题

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问 芯片数据去除批次效应一般用什么软件 如何操作？

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问 使用MAS5.0处理过的芯片数据，能不能直接取对数后用limma包找差异表达基因，为什么不能？

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问 当LIMMA计算计算结果中的调整P值都大于0.05时，可否使用p值<0.05+fc>2来筛选差异表达基因？

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