测了实验组与对照组的mRNA与miRNA的转录组，miRNA-mRNA互作分析网络怎么处理呢？

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由cutesv流程鉴定到的SV有特别多的缺失基因型

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基因本体论分析上下调基因差异

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怎么对基因启动子含有什么元件进行分析

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如何通过重测序方法找到大耳朵狗和小耳朵狗的候选基因如何通过重测序方法找到大耳朵狗和小耳朵狗的候选基因，目前已经把测序得到的数据map 到了染色体上，不知道下一步该怎么找候选基因

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使用MAS5.0处理过的芯片数据，能不能直接取对数后用limma包找差异表达基因，为什么不能？

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3D基因组里compartment里一般是包含好多TAD的，但这图为什么compartment数量比TAD多这么多呢

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基因表达芯片的分类问题

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细菌基因组分析

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菌侵染植物的转录组分析中，若菌的一个基因在当前时间没有引起植物基因的变化，过了三个小时后才引起植物基因的变化，如何分析这种现象或如何将这一类基因关联起来，有没有类似的文献推荐？

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问 不同比对软件出的结果能进行比较吗？

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问 synapser无法加载

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问 二代转录组去除批次效应

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问 植物TWAS流程

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问 转录组定量结果为0

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问 ciriRNA表达量如何计算？（更）

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问 无对照的转录组数据如何寻找差异表达基因

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问 请问hisat2+stringtie+deseq2的标准流程

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问 log2(fold_change)可以用来做热图吗？遇到想要表达的目的基因log2(fold_change)值为0时，怎么办？

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问 WGCNA

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