关于RSEM和RPKM - 做专业的生信问答网站

登录

该问题已被锁定！

2: 关注

1480: 浏览

关于RSEM和RPKM

生信分析

之前接触到的测序结果，以及文章。都是以rpkm/fpkm的形式显示结果。最近接触到一些使用RSEM来表述的测序结果。求问这两者有哪些具体上的不同，着重在使用场景。以及对于测序结果中，有的基因的RSEM和RPKM的结果趋势完全相反，这种情况是怎么产生的。如果要使用数据的话，优先参考RSEM还是RPKM，以及理由

好问题 0 评论收藏举报

查看全部 1 个回答

孟浩巍超级管理员用户来自于: 北京市
2018-09-04 14:21

癌症的数据尤其是TCGA的数据现在都是给RSEM，大家目前测序常用的还是FPKM，RPKM，TPM。个人观点是RSEM的缺点在于不直观，优点是通过机器学习的办法处理了一些因素，而不是像FPKM，RPKM，TPM这些，线性处理所有的情况。我个人的观点是，癌症数据大家现在都用RSEM，那么我也建议你用RSEM；但是自己的RNA-Seq数据，我还是建议用FPKM，RPKM，TPM，这个系列的。

赞同 0 0评论

关于作者

: elementoK 注册会员
这家伙很懒，还没有设置简介

0: 回答

0: 文章

3: 问题

问题动态

发布时间: 2018-08-29 16:24

更新时间: 2018-09-04 14:21

关注人数: 2 人关注

相关问题

关于scrublet的使用: 2595 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

关于ceRNA网络构建的后续分析有哪些？: 1335 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

关于ggplot2画条图的问题: 1341 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

关于affy芯片Affymetrix Human Genome U133 Plus 2.0 Array的注释文件，为何GEO、affy官方与Bioconductor的注释数据有差别？: 2168 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

关于cox回归分析问题: 831 浏览 1 关注 0 回答 0 评论

多个处理组的RNAseq分析中关于counts表格合并的问题: 2414 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

关于对3dDNA产生的hic文件进行纠错的问题: 1754 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

ChIP-seq的bigwig文件可以使用rpkm>1过滤掉一些弱的信号吗？: 2040 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问一个关于miRNA ID的问题: 1152 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

新人求教关于测序以及免疫的问题: 1409 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

推荐内容

问 Bowtie2使用中遇到的内存不足问题: 2034 浏览 1 关注 2 回答 0 评论

问如何方便快捷地批量重命名qiime2做出的ASV号？: 2196 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问使用Tracking Tumor ImmunoPhenotype(TIP)网站分析TCGA的BLCA_tpm数据: 1887 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问生存分析KM-plot交叉问题: 2182 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问用GWAS筛选受选择基因，样本数量不够，请问可以用选择消除分析吗: 1550 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问植物TWAS流程: 2366 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 ASR祖先序列重建，最后一步使用PAML时出现一些问题: 3146 浏览 1 关注 3 回答 0 评论

问 GWAS和WGS的选择消除分析有什么区别呀？: 1657 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 23年生信NCCL室间质评: 1941 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 ATAC-seq不同测序量样本的差异比较: 2185 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

All Rights Reserved Powered BY WeCenter V4.1.0 © 2025