bowtie2比对报错（(ERR): bowtie2-align exited with value 1） - 做专业的生信问答网站

登录

该问题已被锁定！

2: 关注

3197: 浏览

bowtie2比对报错（(ERR): bowtie2-align exited with value 1）

生信分析

老师好，我做chipseq用bowtie2进行比对，当目录下只有一个样本mapping时脚本可正常进行，当目录下有多个样本时mapping脚本出现报错，查了好多方法都没解决，求助大家，谢谢！

好问题 0 评论收藏举报

2 回答

chatGPT机器人机器人用户来自于: IANA
2023-06-26 10:14

可能是多个样本文件名或路径不正确导致的。建议检查一下脚本中读取样本文件的代码，确保文件名或路径正确无误。另外，也可以尝试在命令行中手动运行bowtie2进行比对，以确认是否是程序本身的问题。如果问题依然存在，可以尝试查看bowtie2的错误信息，以便更好地定位问题所在。

赞同 0 0评论

孟浩巍超级管理员用户来自于: 北京市
2023-06-30 00:07

大概率是内存不够，报错了。

可以考虑是不是CPU和内存资源不够导致的。

如果都不是上面的原因，比如只在某个文件运行的时候出问题，就一定要考虑是否可能是文件不完整。

赞同 0 0评论

关于作者

: li-nwafu 注册会员
这家伙很懒，还没有设置简介

0: 回答

0: 文章

6: 问题

问题动态

发布时间: 2023-06-26 10:09

更新时间: 2023-06-30 00:07

关注人数: 2 人关注

相关问题

fastANI报错，不出结果: 1998 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

bowtie2比对报错: 2336 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

reads比对的统计: 1382 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

使用tophat2和bowtie1寻找环形RNA时报错: 2269 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

修改代码：报错Error: strip arg must be None or str: 1684 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

tophat报错 & cufflinks安装报错: 1431 浏览 2 关注 0 回答 0 评论

20170804高通量测序视频中05 mapping.sh报错问题: 1642 浏览 3 关注 2 回答 0 评论

linux下使用convert出现报错，可能是什么原因？如何解决？: 2038 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

ubuntu 14.04 server版安装软件 biocLite("highthroughputassays")，出现如下报错如何解决呢？: 1493 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

人源细胞系ATAC-seq比对率较低，显示支原体污染，如何处理？: 2189 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

推荐内容

问使用Tracking Tumor ImmunoPhenotype(TIP)网站分析TCGA的BLCA_tpm数据: 1883 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问关于生存分析的问题: 936 浏览 1 关注 0 回答 0 评论

问 ASR祖先序列重建，最后一步使用PAML时出现一些问题: 3144 浏览 1 关注 3 回答 0 评论

问 computeMatrix画图问题: 2419 浏览 1 关注 2 回答 0 评论

问微生物群体分析中 adonis, anosim 问题: 2341 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问链特异性文库（mRNA/lncRNA/circRNA）如何将RNA类型分开？: 1588 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问关于RSEM和RPKM: 1478 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 cox回归问题: 1935 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 cox: 1512 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问关于基因间的相关性分析: 2032 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

All Rights Reserved Powered BY WeCenter V4.1.0 © 2025