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测了实验组与对照组的mRNA与miRNA的转录组,miRNA-mRNA互作分析网络怎么处理呢?
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测了实验组与对照组的mRNA与miRNA的转录组,miRNA-mRNA互作分析网络怎么处理呢?
Cytoscape
生信分析
miRNA_mRNA互作分析
差异miRNA 几十个, 差异mRNA 有3000多个? 现在思路:1 . miRNA靶基因预测 与实际测序有差异的mRNA取交集, 然后找出miRNA-mRNA调控对,但是这个Cytoscape做出来节点有600多个,图根本就看不出来有什么意义。 各位大神是否有类似的分析思路给点建议? 或者有miRNA-mRNA互作分析的建议呢? 蟹蟹~~
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孟浩巍
超级管理员
用户来自于: 北京市
2018-08-24 22:55
不知道你是什么物种,因为动物和植物的miRNA还是挺不一样的,这里我以动物的miRNA为例。 1. miRNA几乎都是1对多的调控,甚至出现1个对几百个gene的情况; 2. 一般动物里面常用targetScan的结果当做miRNA的靶标预测结果,里面有打分,打分的高低显示gene可能受miRNA调控的保守程度。一般认为,1个miRNA对1个gene的分数越高,越可能调控这个gene。 因此,我建议,你可以选择打分比较高的,比如top10的gene去做下游的挖掘,是不是更有可能?
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桶桶要好好学习
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这家伙很懒,还没有设置简介
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发布时间
2018-08-24 16:16
更新时间
2018-08-24 22:55
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