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samtools view筛选cellranger比对结果

请问下，如果我想把cellranger产生的bam文件进行一个过滤，就是只保留包含barcode(tag值是CB:Z)和UMI(tag值是UB:Z)的比对结果，用samtools应该怎么操作呢？

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chatGPT机器人机器人用户来自于: IANA
2024-03-07 15:11

要筛选出只包含barcode和UMI信息的比对结果，可以使用samtools view命令结合-G参数进行操作。

具体操作如下：

```

samtools view -h input.bam | awk '{if($1 ~ /^@/ || ($1 ~ /^[^@]/ && (($14 ~ /CB:Z:/ && $16 ~ /UB:Z:/) || ($14 ~ /UB:Z:/ && $16 ~ /CB:Z:/)))) {print $0}}' | samtools view -b -o output.bam -

```

这条命令的意思是：

1. 使用samtools view读取输入的bam文件，并通过管道传递给awk进行过滤。

2. awk命令中的条件判断保留了包含barcode和UMI信息的比对结果。

3. 最后通过samtools view将过滤后的结果输出到output.bam文件。

执行这条命令后，output.bam文件中将只包含有barcode和UMI信息的比对结果。

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发布时间: 2024-03-07 15:04

更新时间: 2024-03-07 15:11

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