用R画RNA_seq中变化显著的heatmap聚类热图 - 做专业的生信问答网站

登录

该问题已被锁定！

4: 关注

2456: 浏览

用R画RNA_seq中变化显著的heatmap聚类热图

我看了一篇文章https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1674205217302459?via%3Dihub#fig1，想做一个和文章里一样的聚类热图，如下 [attach]36[/attach]，但是我不是很明白它的这个分类的方式，我自己做出来的如下： [attach]35[/attach] 代码为 >data <- log2(cuffdiff_result[,c(7,8)]+1)) >Heatmap(x, name = "expression", km = 5,, show_row_names = FALSE, show_column_names = FALSE) x想知道这样子对不对？有没有什么问题，如果分类之后怎么导出分类数据

好问题 0 评论收藏举报

查看全部 3 个回答

孟浩巍超级管理员用户来自于: 北京市
2018-08-24 13:37

我画heatmap更喜欢用pheatmap这个函数。 [code]ph = pheatmap(your_mat,cluster_cols = F, cluster_rows = T)[/code]上面的代码就是对列不聚类，对行聚类，并把结果保存到了ph变量里。同时，在ph里面可以使用下面的代码查看你的原始矩阵行的聚类结果 [code]# 聚类结果 ph$tree_row # 每一行的排序结果 ph$tree_row$order[/code]

赞同 3 6评论

关于作者

: jailyn 前台管理员
这家伙很懒，还没有设置简介

7: 回答

0: 文章

5: 问题

问题动态

发布时间: 2018-08-24 12:19

更新时间: 2018-08-24 23:19

关注人数: 4 人关注

相关问题

如何使用seqtk按照比例随机提取单细胞数据？: 2548 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

RNA-seq分析，rlog需要生物学重复才行？有别的Normalization方法吗？: 1710 浏览 1 关注 0 回答 0 评论

ATAC-seq与RNA-seq的联合分析: 1472 浏览 1 关注 0 回答 0 评论

htseqcount和featurecount计数不一样: 1815 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

在riboseq分析中，如何对没有起始密码子和终止密码子的转录本进行三碱基准确性分析？: 1755 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

有人有测序中国过去出的非编码rna的视频教程吗: 1149 浏览 1 关注 0 回答 0 评论

请问hisat2+stringtie+deseq2的标准流程: 2904 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

ATAC-seq不同测序量样本的差异比较: 2461 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

seqtk的使用技巧，可以处理那些序列问题？: 1680 浏览 1 关注 1 回答 0 评论

Bulk-RNAseq多组数据差异表达基因的筛选: 2478 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

推荐内容

问使用tophat2和bowtie1寻找环形RNA时报错: 2528 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问使用cutadapt去掉adaptor后，fastqc结果的sequence distribution报错: 2363 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问求助，安装DESeq2遇到问题: 1485 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问常用的对测序序列进行聚类分析的软件有什么？及其使用的了什么算法？: 2589 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问 Affy包中的MAplot函数的作用是什么？画出的MAplot图如何解读？为何要进行MAplot检查？: 2197 浏览 3 关注 1 回答 0 评论

问关于ggplot2画条图的问题: 1503 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问如何处理fastqc报告中duplication level报错的问题: 3107 浏览 3 关注 2 回答 0 评论

问 Rstudio怎么打开project: 2342 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

All Rights Reserved Powered BY WeCenter V4.1.0 © 2025