pheatmap画图的数据导入问题 - 做专业的生信问答网站

登录

该问题已被锁定！

3: 关注

2120: 浏览

pheatmap画图的数据导入问题

生信问题

请问下大家，我现在通过WGCNA得到了各个模块的基因名字，然后也通过代码获得了，每个颜色模块的基因的表达量，并且均一化。然后我要开始pheatmap画热图，但是在导入完数据，我用str（）命令查看数据类型发现是num和chr交替的，因此导致我后续pheatmap（）报错，报错内容为Error in x - m : non-numeric argument to binary operator 第一张图是我代码，第二张图是str（）之后看到数据是num和chr的，估计因此导致我后续pheatmap报错，第三张图为我的原始导入数据。恳请大佬帮我看看，哪里有问题，调整了一个晚上，还是没搞定。感激不尽

好问题 0 评论收藏举报

2 回答

孟浩巍超级管理员用户来自于: 北京市
2018-08-30 17:39

对你的数据进行一下处理就好了， new_df_exp.fix = as.numeric(new_df_exp[,c(-1,-2)]) rownames(new_df_exp.fix) = new_df_exp[,2] pheatmap(new_df_exp.fix)

赞同 0 1评论

qliu 初级会员用户来自于: 华中农业大学
2018-08-30 17:41

你的data里面还混有chr列的数据，将所有你的数据先转变为numeric类型的数据 apply(data[,3:ncol(data)], 2 , as.numeric())

赞同 0 0评论

关于作者

: sysuwinux 注册会员
这家伙很懒，还没有设置简介

1: 回答

0: 文章

3: 问题

问题动态

发布时间: 2018-08-30 17:10

更新时间: 2018-08-30 17:41

关注人数: 3 人关注

相关问题

最新的cas9蛋白的sgRNA的数据集: 1375 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

求重测序不同群体示例数据: 857 浏览 1 关注 0 回答 1 评论

celseq2转换单细胞原始数据: 1734 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

computeMatrix画图问题: 2131 浏览 1 关注 2 回答 0 评论

如何根据转录组数据得到新转录本？如何验证一个基因的多个转录本？: 2273 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

无对照的转录组数据如何寻找差异表达基因: 1879 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

数据下载: 1404 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

请问RNA-seq采用poly A(+)策略建库，处理数据时若不去除rRNA会对后续分析有何影响？: 1390 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

二代测序得到测序数据组装完成后如何进行丰度计算: 1677 浏览 1 关注 1 回答 0 评论

SRA 数据批量下载: 2366 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

推荐内容

问 how to speed up following code: 1386 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 3D基因组里compartment里一般是包含好多TAD的，但这图为什么compartment数量比TAD多这么多呢: 1735 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问不同样品中寻找特异的OTU: 1701 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问如何按一个列表对基因型文件进行过滤，剔除不需要的样本？: 1726 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问使用bedtools提取序列时的deyond length问题；bed负值: 2302 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问 juicer_tools.jar hiccups 运行怎么更改物种？: 2233 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问 atac重复样品可视化: 1632 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问请问cytoscape是怎么构建网络的？: 1291 浏览 3 关注 1 回答 0 评论

All Rights Reserved Powered BY WeCenter V4.1.0 © 2025