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pheatmap画图的数据导入问题

生信问题

请问下大家，我现在通过WGCNA得到了各个模块的基因名字，然后也通过代码获得了，每个颜色模块的基因的表达量，并且均一化。然后我要开始pheatmap画热图，但是在导入完数据，我用str（）命令查看数据类型发现是num和chr交替的，因此导致我后续pheatmap（）报错，报错内容为Error in x - m : non-numeric argument to binary operator 第一张图是我代码，第二张图是str（）之后看到数据是num和chr的，估计因此导致我后续pheatmap报错，第三张图为我的原始导入数据。恳请大佬帮我看看，哪里有问题，调整了一个晚上，还是没搞定。感激不尽

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2 回答

孟浩巍超级管理员用户来自于: 北京市
2018-08-30 17:39

对你的数据进行一下处理就好了， new_df_exp.fix = as.numeric(new_df_exp[,c(-1,-2)]) rownames(new_df_exp.fix) = new_df_exp[,2] pheatmap(new_df_exp.fix)

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qliu 初级会员用户来自于: 华中农业大学
2018-08-30 17:41

你的data里面还混有chr列的数据，将所有你的数据先转变为numeric类型的数据 apply(data[,3:ncol(data)], 2 , as.numeric())

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关于作者

: sysuwinux 注册会员
这家伙很懒，还没有设置简介

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发布时间: 2018-08-30 17:10

更新时间: 2018-08-30 17:41

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