pheatmap画图的数据导入问题 - 做专业的生信问答网站

登录

该问题已被锁定！

3: 关注

963: 浏览

pheatmap画图的数据导入问题

生信问题

请问下大家，我现在通过WGCNA得到了各个模块的基因名字，然后也通过代码获得了，每个颜色模块的基因的表达量，并且均一化。然后我要开始pheatmap画热图，但是在导入完数据，我用str（）命令查看数据类型发现是num和chr交替的，因此导致我后续pheatmap（）报错，报错内容为Error in x - m : non-numeric argument to binary operator 第一张图是我代码，第二张图是str（）之后看到数据是num和chr的，估计因此导致我后续pheatmap报错，第三张图为我的原始导入数据。恳请大佬帮我看看，哪里有问题，调整了一个晚上，还是没搞定。感激不尽

好问题 0 评论收藏举报

2 回答

孟浩巍超级管理员用户来自于: 北京市
2018-08-30 17:39

对你的数据进行一下处理就好了， new_df_exp.fix = as.numeric(new_df_exp[,c(-1,-2)]) rownames(new_df_exp.fix) = new_df_exp[,2] pheatmap(new_df_exp.fix)

赞同 0 1评论

qliu 初级会员用户来自于: 华中农业大学
2018-08-30 17:41

你的data里面还混有chr列的数据，将所有你的数据先转变为numeric类型的数据 apply(data[,3:ncol(data)], 2 , as.numeric())

赞同 0 0评论

关于作者

: sysuwinux 注册会员
这家伙很懒，还没有设置简介

1: 回答

0: 文章

3: 问题

问题动态

发布时间: 2018-08-30 17:10

更新时间: 2018-08-30 17:41

关注人数: 3 人关注

相关问题

给我一份最新的cas9蛋白的sgRNA的数据集: 1122 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

axel，wget下载数据出错的问题，没头绪: 865 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

关于affy芯片Affymetrix Human Genome U133 Plus 2.0 Array的注释文件，为何GEO、affy官方与Bioconductor的注释数据有差别？: 969 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

尿代谢组正负离子数据标准化是否可以均用正离子检测出来的肌酐峰: 664 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

如何一个数据表中第一列都统一删除三个字母保留数字再输出为一个新表: 1119 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

转录组数据样本聚类结果不理想: 696 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

进行转录组数据分析时，进行cuffdiff后的输出文件gene_exp.diff中，一个基因出现了两个不同的表达量数据，应该如何处理？: 544 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

请问一下，R语言环境下，如何在dataframe数据中添加一个key列呢？具体描述见正文: 1066 浏览 4 关注 4 回答 1 评论

不同测序平台的scRNAseq数据集整合（10✖️、smart-seq）: 854 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

请问芯片数据分析的一般流程及涉及的常用算法？: 1048 浏览 2 关注 3 回答 0 评论

推荐内容

问 qpAdm结果解读: 832 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问尿代谢组正负离子数据标准化是否可以均用正离子检测出来的肌酐峰: 664 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 bulk-RNAseq数据集整合: 1077 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问不同测序平台的scRNAseq数据集整合（10✖️、smart-seq）: 854 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 cellranger使用问题: 1198 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 L1插入位点的百分比密度分布: 685 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问不同样品中寻找特异的OTU: 902 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问启动子染色质开放性: 901 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问 linux下使用convert出现报错，可能是什么原因？如何解决？: 916 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问关于基因间的相关性分析: 915 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

All Rights Reserved Powered BY WeCenter V4.1.0 © 2024