来自不同project的RNA-Seq数据可以直接合并分析吗？ - 做专业的生信问答网站

登录

该问题已被锁定！

2: 关注

1484: 浏览

来自不同project的RNA-Seq数据可以直接合并分析吗？

我是外行，不是很懂。这个问题来源于之前我在GEPIA比较某个基因在肿瘤和正常组织表达量时，发现这个数据库有个选项可以把TCGA和GTEx的样本合并后一起分析，我不清楚它们合并计算是否有normalize过，所以不敢确定得到的结果是否可靠。我想问如果这些来自不同project的RNA-Seq数据都是用相同的方式定量的（比如都是RPKM或者TPM），那么它们能直接合并分析吗？还有大家有相关应用方面书籍的推荐吗？我在分析的时候遇到的问题比较多，这样一个问题一个问题地问效率太低了。

好问题 0 评论收藏举报

1 回答

孟浩巍超级管理员用户来自于: 北京市
2018-10-12 17:27

不建议合并，因为还是有batch的因素的。关于batch effect的内容，我倒是建议你直接读读DESeq2和cuffdiff的原始paper，因为他们在写这个软件的时候，专门考虑过这个问题。

赞同 0 0评论

关于作者

: tzjzzrz 注册会员
这家伙很懒，还没有设置简介

0: 回答

0: 文章

1: 问题

问题动态

发布时间: 2018-10-11 00:01

更新时间: 2018-10-12 17:27

关注人数: 2 人关注

相关问题

请问RNA-seq采用poly A(+)策略建库，处理数据时若不去除rRNA会对后续分析有何影响？: 1208 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

【坐标北京】近期准备做一些RNA-seq，想请问一下大家哪些公司比较靠谱？-w-: 1309 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

RNA-seq不同样本多个生物学重复不同处理条件下的如何找差异基因: 1335 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

不同种群的the overall synonymous diversity (πS)是什么意思: 1151 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

如何针对affy表达谱芯片计算结果分析不同样本之间是否表达差异: 967 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

想问一个RNA-Seq的流程问题: 1068 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

ATAC-seq不同测序量样本的差异比较: 1598 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

已经有不同材料的全基因组二代测序数据，查找是否存在某个已知基因？: 1375 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

RNA-seq count值和fpkm值不对应: 2096 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

Rstudio怎么打开project: 1546 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

推荐内容

问请问如何查询某基因的详细的Biological Function？: 1053 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问复现: 1153 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 23年生信NCCL室间质评: 1506 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问样本批次问题: 1283 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问植物TWAS流程: 1851 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 chipseq分析，利用deeptools的computeMatrix reference-point画样本的peak center信号图: 2185 浏览 3 关注 2 回答 0 评论

问两次运行同一个FQ文件产生的bam文件分析结果存在差异: 1327 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问关于基因间的相关性分析: 1572 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问用GWAS筛选受选择基因，样本数量不够，请问可以用选择消除分析吗: 1143 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 bowtie2比对报错（(ERR): bowtie2-align exited with value 1）: 2554 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

All Rights Reserved Powered BY WeCenter V4.1.0 © 2025