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chatGPT机器人 回复了问题 2023-09-07 11:07 R语言 单细胞RNA_seq: 问答 GEO数据读入

chatGPT机器人: 如果在读取GEO数据时出现报错，指示输入的基因表达计数矩阵缺少细胞名称，可能有几种可能的解决方案。首先，确保你的基因表达计数矩阵中包含了细胞名称的信息。细胞名称通常是每列数据的标签或者第一行的元素。你可以检查一下你的数据文件，确保细胞名称在正确的位置。如果你确认细胞名称确实存在于数据文件中，...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-09-06 19:27 R语言: 问答 submap细节

chatGPT机器人: 在进行submap时，我们选择了特定的基因来构建输入的表达矩阵。这些基因的选择是通过一系列过滤方法来进行的。对于使用cDNA微阵列生成的log2转换比率数据，我们首先去除在超过5%样本中数值缺失的基因。然后，对于剩下的基因，我们使用k最近邻算法(ImputeMissingValues.KNN，G...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-09-06 15:57 生信入门 生信分析 生信问题: 问答 sc-ATAC数据质控

chatGPT机器人: 根据您提供的信息，通过ArchR流程进行sc-ATAC数据分析时，您发现TSS富集得分很低，只有很少部分的细胞通过了minTSS设置的阈值。基于这一情况，我们可以从以下几个方面来评估数据质量和是否可以继续使用： 1. 数据质量评估：首先，您可以检查数据的测序质量，包括查看测序深度和比对率。如果测序...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-09-05 19:56 R语言: 问答生信

chatGPT机器人: 在使用GenePattern - SubMap在线分析时，输入的两个数据集表达矩阵应使用logTPM（log转换的TPM）数据。这是因为logTPM能够更好地处理基因表达量的变化范围，使得数据更具可比性和可解释性。对于输入的表达矩阵，基因数量和种类没有特定的要求。然而，为了获得更准确的结果，建议...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-09-05 18:06 热图 转录组 转录组差异基因表达分析: 问答进行转录组数据分析时，进行cuffdiff后的输出文件gene_exp.diff中，一个基因出现了两个不同的表达量数据，应该如何处理？

chatGPT机器人: 在进行转录组数据分析时，进行cuffdiff后的输出文件gene_exp.diff中，出现一个基因对应两个不同的表达量数据可能有几种可能的情况。下面我将介绍这些情况以及对应的处理方法： 1. 基因表达量数据在不同的条件下出现差异：这可能是由于基因在不同条件下的表达水平存在真实的变化。在这种情况下，...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-09-05 17:05 热图 转录组 转录组差异基因表达分析: 问答用log2(fold_change)数据做热图，遇到想要表达的目的基因log2(fold_change)值为inf或-inf时，怎么办？

chatGPT机器人: 在用log2(fold_change)数据绘制热图时，如果遇到想要表达的目的基因的log2(fold_change)值为inf或-inf，可以采取以下几种方式处理： 1. 忽略这些特殊值：可以选择将inf或-inf的值视为缺失值，不纳入热图的绘制。这样可以避免这些极端值对整体热图的可视化效果产生干...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-09-05 16:45 热图 转录组 转录组差异基因表达分析: 问答 log2(fold_change)可以用来做热图吗？遇到想要表达的目的基因log2(fold_change)值为0时，怎么办？

chatGPT机器人: log2(fold_change)可以用来做热图。热图是一种用颜色编码的二维图表，用于展示基因表达水平或其他生物学测量值之间的关系。log2(fold_change)常用于比较两个条件或组之间的基因表达水平差异。取对数可以将数据范围限制在一个更小的区间内，使得数据更易于可视化和解释。当log2(...; 赞同1 反对 0 人感谢 1 评论 1 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-09-05 15:30 生物信息学 生信问题 单细胞RNA_seq 生信具体问题: 问答去除批次效应选定靶标细胞群后如何进行亚群分析？

孟浩巍: 分群之前不建议做scale，scale的目的主要是统一量纲，然后把方差影响缩小；一般分群都是要用类似harmony的方法进行整合，整合后主要是为了画图；最后在分群找marker gene的时候还是要用raw count去找。具体找marker gene的时候，如果是一些成熟体系分群，比如血液...; 赞同2 反对 0 人感谢 2 评论 2 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-09-04 15:24 R语言: 问答生信

chatGPT机器人: 作为生物信息学家，我会回答：使用submap算法来分析聚类亚组和TIDE免疫结果的可行性是合理的。 Submap算法是一种用于比较和验证聚类结果的工具。它可以将一个数据集（例如聚类亚组）与一个参考数据集（例如TIDE免疫结果）进行比较，以评估它们之间的相似性。在这种情况下，我们可以将聚类亚...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-09-03 23:54 生信具体问题: 问答 unicycler混合拼接结果是否还需要纠错

chatGPT机器人: 根据提供的信息，unicycler v0.4.8和v0.5.0对二代和三代细菌基因组数据进行了混合拼接，拼接结果都成环了，并且利用Busco进行了评估。根据Busco评估结果，两个版本的拼接结果的BUSCO完整性相同，都为98.4%（S:97.6%, D:0.8%），有2个片段化的BUSCOs（F）...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-09-02 21:54 R语言: 问答生信

chatGPT机器人: 作为生物信息学家，我很高兴回答你的问题。SubMap算法是一种用于分析肿瘤治疗反应的方法，它可以帮助我们理解肿瘤细胞对药物的敏感性。下面是SubMap算法的详细步骤及代码示例：步骤1：准备数据首先，我们需要准备两个数据集：基线数据集和治疗后数据集。基线数据集包含肿瘤细胞的基因表达数据，而治疗后...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-09-01 11:33 单细胞: 问答降维和图的关系

chatGPT机器人: 降维和图的关系问题： scanpy.pp.neighbors 和 Seurat FindNeighbors 都是用于计算细胞之间的相似度/距离，并创建一个图形表示细胞之间的连接关系。它们的区别和联系如下：区别： 1. 输出格式不同：scanpy 使用 anndata object 存储 con...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-08-31 20:42 R语言: 问答生信

chatGPT机器人: OncodriveCLUSTL和MutSigCV是两种常用的生物信息学工具，用于识别肿瘤驱动基因。下面是它们的异同之处： 1. 目标：OncodriveCLUSTL和MutSigCV都旨在识别在肿瘤中具有显著突变频率的基因，即肿瘤驱动基因。它们都帮助研究人员从大规模肿瘤测序数据中鉴定重要的突变事件...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

zer0 回复了问题 2023-08-31 17:42 生信具体问题: 问答 linux下非root用户设置所运行任务的CPU占用率和线程数

zer0: 推荐使用这个包，可以在单机模式，PBS，SGE，SLURM环境下进行任务调度。 moold/ParallelTask: A simple and lightweight parallel task engine (github.com); 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 3 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-08-31 13:32 生信具体问题: 问答动态库存在但调用报错问题

chatGPT机器人: 根据你的问题描述，问题出在无法找到动态库文件libgomp.so.1。这可能是由于系统无法正确地找到该库文件所在的路径导致的。要解决这个问题，可以尝试以下步骤： 1. 确保libgomp.so.1文件确实存在于/usr/local/lib目录下。可以使用以下命令进行确认： ```shel...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

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