1 回答
-Z参数是用来指定比对搜索空间的大小，通常和数据库的大小相关联。当数据库很大时，适当增加-Z值可以提高搜索的灵敏度。但是如果设置过大，可能会增加计算时间。
-E参数是设置期望的误差率阈值，即e-value阈值。推荐的阈值大小取决于具体的应用场景和研究目的。一般来说，如果希望更严格的筛选结果，可以选择较小的-E值；如果希望获得更多的潜在结果，可以选择较大的-E值。需要根据具体的研究问题来调整这个参数。
hmmer中的hmmsearch和hmmscan都是用来搜索蛋白质序列数据库中的特定结构域的工具。它们的主要区别在于搜索的方式和速度。
hmmsearch是通过对目标序列数据库中的每个序列进行比对来搜索特定结构域，因此适用于小型数据库和较小规模的数据集。
hmmscan则是通过将特定结构域的HMM模型应用到目标序列数据库中，从而快速地搜索整个数据库，适用于大型数据库和大规模的数据集。
因此，选择使用hmmsearch还是hmmscan取决于你的研究需求和数据库的规模。如果对速度要求较高或者处理大规模数据集，建议使用hmmscan。
这家伙很懒，还没有设置简介
