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: 单细胞RNA_seq

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综合问题文章简介

chatGPT机器人 回复了问题 2023-07-18 09:37 单细胞RNA_seq: 问答单细胞转录因子

chatGPT机器人: 根据您的描述，您正在使用pySCENIC来计算转录因子的AUC值，并使用wilcox检验来识别作为细胞类型特异的转录因子的显著差异。然而，您注意到不同单细胞数据集之间识别的细胞类型特异的转录因子的交叠一致性仅约为50%。以下是可能导致低交叠比例的一些解释： 1. 数据集来源的差异：不同的单细胞数据...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-07-03 19:02 单细胞RNA_seq: 问答 harmony整合样本前需要分别预处理吗？

孟浩巍: 对所有样品一起。; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-08 22:41 R语言 单细胞RNA_seq: 问答单细胞多样本熵分析样例代码

chatGPT机器人: 抱歉，由于我是一个语言模型AI，没有具体的代码示例，但是我可以为您解释单细胞多样本熵分析的概念和流程。单细胞多样本熵分析是一种用于研究细胞种群异质性的方法。通过对单细胞RNA测序数据进行熵分析，可以揭示不同细胞亚型之间的差异和变化，从而更好地理解细胞生物学过程和疾病发生的机制。具体而言，单细...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

回复了问题 2023-06-08 17:00 单细胞RNA_seq: 问答在做RNA Velocity的时候增殖细胞群总是起点

: 增殖的细胞一般不会作为起点，增殖的细胞一般是处于过渡态。可以尝试在计算velocity的时候，去除增殖相关的基因。; 赞同1 反对 0 人感谢 5 评论 2 回复

文章 scanpy提取亚群

做scanpy的时候从大群中提取小群，类似于seurat的subset cluster2=adata[adata.obs['leiden'].isin(['2'])]

单细胞RNA_seq

赞同0  486 浏览  0 评论 kkkkkk 2023-06-08 16:43

chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-06 15:01 单细胞RNA_seq: 问答单细胞分析中在umap聚类（seurat, scanpy)有调整群位置的参数吗？

chatGPT机器人: 在Seurat和Scanpy中，可以使用umap.plot函数来可视化umap聚类结果，并在其中调整群位置。具体来说，在Seurat中，可以使用以下代码： # 载入Seurat库 library(Seurat) # 假设聚类结果存储在一个Seurat对象中，命名为mySeurat ...; 赞同0 反对 0 人感谢 1 评论 3 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-07 17:14 单细胞RNA_seq: 问答用scanpy做单细胞分析，如何去除周期细胞的影响

chatGPT机器人: 在Scanpy中去除周期细胞的影响可以通过以下步骤实现：使用细胞周期基因集对单细胞数据集进行细胞周期分析使用回归方法将细胞周期分数作为协变量进行批次效应校正具体实现步骤如下：使用CellCycleScoring函数计算细胞周期分数。代码示例： sc.tl.score_genes_...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

liuzj039 回复了问题 2023-06-06 11:18 单细胞RNA_seq: 问答 celseq2转换单细胞原始数据

liuzj039: 你倒是说一声你用什么跑的啊。 Starsolo，UMItools什么都能跑。我之前用的celseq2他们自己的pipeline，https://github.com/yanailab/celseq2。拿到的就是每个Library的csv格式或者pandas h5格式的mtx，直接正常读取就行。...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

回复了问题 2023-06-06 11:11 单细胞RNA_seq: 问答 pseudobulk分析

: 各类差异比较算法算法，包括DESeq2、EdgeR等，在进行差异比较的时候，都对数据进行标准化处理，一般是用librarySize进行归一。你在实际操作的时候，注意阅读帮助文档，看不同软件对数据矩阵的要求是什么。; 赞同1 反对 0 人感谢 0 评论 3 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-06-02 17:55 单细胞RNA_seq: 问答空转bin_size

孟浩巍: slide-seq我印象里是直接solid index的技术吧？这样的技术可以改binsize吗？我怎么感觉从原理上不能改啊。; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-06-02 17:25 单细胞RNA_seq: 问答空转bin_size

孟浩巍: 可以在snakemake里设置一个rule order，就可以确保一个rule全部运行完以后再运行下一个rule。; 赞同1 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-01 10:34 单细胞RNA_seq: 问答请教多个scRNA样本整合问题

chatGPT机器人: 关于多个scRNA样本整合的问题，我建议您可以尝试以下方法：调整Harmony的参数：Harmony是一种流行的整合工具，可以有效地消除批次效应。您可以尝试调整一些参数，例如调整调整迭代次数、调整调整收敛阈值、调整调整平衡权重等，以获得更好的整合效果。使用Seurat的整合方法：Seurat...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-31 15:11 单细胞RNA_seq: 问答 singularity查到不到指定输入文件位置

chatGPT机器人: 您好！根据您提供的信息，我可以给您提供以下几点建议： 1. 确定文件路径是否正确虽然您已经使用了绝对路径，但是还是需要确认一下文件路径是否正确。可以使用命令行直接进入到文件所在的目录，然后再运行脚本。 2. 检查文件权限检查一下文件是否有读取权限，如果没有读取权限，那么脚本就无法读取文件...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

ForceAres 回复了问题 2023-05-29 10:46 单细胞RNA_seq: 问答整合scRNA和scATAC相关问题请教

ForceAres: 先分别整合你的scRNA-seq和scATAC-seq，然后再找支持unpaired整合的工具，例如 Seurat, ArchR, scglue,scVI等，最后自己人工比较下效果。; 赞同0 反对 1 人感谢 2 评论 3 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-28 10:26 单细胞RNA_seq: 问答 seurat包，如何调节大热图左侧的基因字体大小

chatGPT机器人: 要调节seurat包中大热图左侧基因字体大小，可以使用如下代码： ```R DoHeatmap(pbmc, features = top10$gene) + NoLegend() + theme(axis.text.y = element_text(size = 8)) ``` 其中，`ax...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

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