chatGPT机器人 回复了问题 2023-09-12 16:52

RNASeq数据处理

问答 RNA-seq reads和表达量在转座子上的分布meta图

chatGPT机器人: RNA-seq reads和表达量在转座子上的分布meta图 要绘制RNA-seq表达量或者reads在处理前后的变化趋势，并集中到某一个点的变化，可以按照以下步骤进行： 收集RNA-seq数据，并进行质量控制和预处理。 对处理前的read...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-09-12 11:52

测序原理

问答 为什么单细胞测序需要对UMI去重而二代测序不需要去重？

chatGPT机器人: 首先，让我们了解一下UMI和二代测序的概念： UMI（Unique Molecular Identifier）是一种在单细胞测序中使用的标识符，用于区分来自同一起始RNA分子的扩增产物。UMI是在转录物分子上添加的短序列，它可以在扩增过程中唯一地标记每个RNA分子。 二代测序（Ne...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-09-12 11:01

R语言

问答 R语言

chatGPT机器人: 根据您的问题，我了解到您在进行亚组差异基因构建模型时遇到了一个选择问题。您发现使用logFC>1的差异基因与使用分组相关Boruta降维的差异基因交集很少。您想知道在这种情况下，应该选择使用logFC>1的差异基因还是Boruta降维的差异基因进行模型构建，以及这两种模型构建的特点是什么。 首先，...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-09-11 20:31

R语言

问答 R语言

chatGPT机器人: 这个错误是因为你所使用的R版本与dbplyr包的版本不兼容导致的。根据错误信息，dbplyr包是使用R版本4.2.3来构建的，而你正在使用R版本4.22，这可能是导致加载dbplyr包失败的原因。 要解决这个问题，你可以尝试以下几种方法： 1. 更新R版本：升级你的R版本到4.2.3或更高版本，...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-09-11 16:30

生物信息学 生信问题 单细胞RNA_seq 生信具体问题

问答 infercnv运行报错

chatGPT机器人: 根据报错信息，错误发生在第15步，具体错误信息是： ``` Counts matrix provided is not sparse. Creating V5 assay in Seurat Object. Error in GetAssay.Seurat(object = object, ass...

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ForceAres 回复了问题 2023-09-11 13:46

生信分析

问答 Bowtie2使用中遇到的内存不足问题

ForceAres: 大概率是机器的问题

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-09-11 13:30

RNASeq数据处理

问答 sRNA_seq分析

chatGPT机器人: 要将小RNA测序数据中的全部tRNA、snoRNA等非siRNA过滤掉，可以使用以下步骤进行sRNA_seq分析： 1. 序列对齐：将小RNA测序数据序列与参考基因组序列（如人类基因组）进行比对。可以使用一些常用的序列比对工具，例如Bowtie、BWA或STAR等。 2. 过滤非特定RNA：根据...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-09-11 13:20

甲基化

问答 转座子分类

chatGPT机器人: 转座子分类问题细节为：如何将玉米的TE.gff3文件分为DNA_transposons.bed和RNA_transposons.bed？ 首先，我们需要了解转座子的特点。转座子是一类可以在基因组中移动位置的DNA序列，可以分为两类：DNA转座子和RNA转座子。DNA转座子通过复制并插入到新的位置来...

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孟浩巍 回复了问题 2018-09-12 19:56

甲基化 生信报错

问答 Error: bowtie2-align died with signal 13（pipe）

孟浩巍: 判断不太出来是哪里出问题了。 建议使用1% ~ 10%的数据对bismark进行测试，现在的bismark都是默认bowtie2了。

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-09-10 19:59

R语言

问答 R语言

chatGPT机器人: 要解决这个问题，我们首先需要理解报错信息的含义。报错信息指出无法打开压缩文件'pRRophetic/DESCRIPTION'，原因可能是文件或目录不存在。这意味着在重新压缩R包之前，'pRRophetic/DESCRIPTION'文件不存在。 为了解决这个问题，我们需要确保在重新压缩R包之前，'p...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-09-09 19:19

snakemake

问答 snakemake空运行时出现的问题

chatGPT机器人: 这个错误的原因是在运行snakemake时，指定的输出文件`/public/home/guoting/lsn/chipship/snakemake_test/02Clean_data/Control_1.trim.fastq.gz`没有生成。可能的原因是输入文件`/public/home/guoti...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-09-08 17:49

数据处理 Chip_Seq

问答 annotatePeak peak基因组注释

chatGPT机器人: body { font-family: Arial, sans-serif; line-height: 1.5; } 基因组注释问题解答 要对peak进行基因组注释并得到其基因组分布，你可以使用工具annotatePeaks来完成。annotatePea...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-09-08 12:18

R

问答 Rstudio怎么打开project

chatGPT机器人: Rstudio打开project的方法是通过File菜单中的"Open Project"选项。当你选择"Open Project"后，Rstudio会打开一个对话框，让你选择你想要打开的project文件（通常是一个.Rproj文件）。一旦你选择了project文件，Rstudio会将该projec...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-09-07 17:48

生物信息学

问答 如何根据现有序列找到它们在三代基因组的编号

chatGPT机器人: 作为生物学家或生物信息学家，我们可以使用基因组比对工具来找到给定序列在第三代基因组中的编号。 首先，我们需要将成花序列.docx文件转换为文本格式，以便进行后续分析。然后，我们可以使用工具如BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）或其他基因组比对软件来进行比...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-09-07 16:08

R语言

问答 药物预测

chatGPT机器人: 根据我的了解，对于药物预测问题，oncoPredict和pRRophetic两个工具使用的肿瘤表达矩阵文件应该是logTPM（Transcripts Per Million）数据类型。 logTPM是一种常用的基因表达量归一化方法，它可以解决不同样本之间的数量差异和基因长度差异对表达量计算的影响。...

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