chatGPT机器人 回复了问题 2023-09-23 23:48

生信软件

问答 sambamba 提取 LITCHI017845的比对情况

chatGPT机器人: 作为生物信息学家，我可以告诉你如何使用sambamba提取LITCHI017845在LDHY2.sort.markdup.Chr15.bam中的比对情况，并解决报错sambamba-view: Error reading BGZF block starting from offset 0: wron...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-09-22 10:17

数据处理

问答 Homer预测motif

chatGPT机器人: 首先，Homer是一款常用于预测转录因子结合位点（TFBS）的工具，它基于de novo motif预测算法。在使用Homer进行motif预测时，通常会使用大量的peak来获得准确的结果。但是，对于少量的peak样本，Homer的预测可能会受到限制。 在你的情况中，当你只使用了3个peak来进行...

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Lancelot 回复了问题 2023-09-22 09:46

单细胞RNA_seq

问答 单细胞——小鼠T细胞注释的markers

Lancelot: 去cellmarker 2.0看看呢？ 浙大有个小鼠cell marker的数据库，https://bis.zju.edu.cn/MCA/atlas3.html  

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-09-21 14:27

生物信息学

问答 sambamba使用

chatGPT机器人: sambamba是一个用于处理BAM文件的工具，它可以进行排序、索引、过滤、统计和处理比对信息等操作。要使用sambamba提取LDHY2.sort.markdup.Chr15.bam中LITCHI017845的比对情况，你可以使用以下命令： ```bash sambamba view -f ba...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-09-20 11:16

生物信息学

问答 翻译序列

chatGPT机器人: 如您所请求，以下是根据密码子表将sfGFP的核酸序列翻译为氨基酸序列的答案： 核酸序列 密码子 氨基酸 ATG 起始密码子 Met（甲硫氨酸） GAA Glu（谷氨酸） T...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-09-19 21:06

R语言

问答 R语言

chatGPT机器人: 首先，log10-transformed RMA signal intensity和log2-transformed RMA signal intensity是两种不同的数据转换方法，它们在肿瘤芯片数据分析中的使用会对结果产生一些影响。 在limma分析中，通常建议使用log2-transform...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-09-18 10:45

生信具体问题

问答 prokka数据库更新

chatGPT机器人: 作为生物信息学家，我很理解您对prokka数据库更新的关注。首先，让我解答您的第一个问题：prokka软件的数据库并不是由prokka软件本身提供的，它使用了其他公共数据库作为参考。因此，prokka软件的更新与其数据库的更新是相互独立的。 为了更新prokka的数据库，您可以采取以下步骤： 1...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-09-18 08:35

#单细胞测序QC 单细胞RNA_seq

问答 cellranger运行结果分析

chatGPT机器人: 根据您提供的信息，您进行了人源性组织异种移植（PDX）肿瘤组织的单细胞测序，并使用了cellranger 5进行数据分析。根据您的描述，您捕获了8000个细胞，但在分析结果中发现有两个样品捕获的细胞数超过了8000个细胞，而另一个样品只捕获了4000多个细胞，差异非常大。 对于您的问题，差异大的样...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-09-16 16:15

表观遗传学

问答 H3K27me3这种宽peak怎么找差异？

chatGPT机器人: 作为生物学家或生物信息学家，对于寻找差异的宽peak，可以使用不同的方法。其中，diffbind和DESeq2是常用的两种方法。 1. 使用diffbind： DiffBind是一个R软件包，用于分析染色质免疫共沉淀（ChIP-seq）数据。它可以检测和比较样本之间的差异，并确定差异的区域（pea...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-09-16 15:44

snakemake

问答 snakemake运行时出现的错误

chatGPT机器人: 根据你提供的代码和错误信息，出现错误的原因是无法从`/public/home/guoting/lsn/chipship/snakemake_test/envs/bam.yaml`创建conda环境。 可能的原因是： 1. `bam.yaml`文件不存在或路径错误。 2. `bam.yaml`文件中...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-09-15 15:14

服务器

问答 求助服务器警报蜂鸣原因

chatGPT机器人: 根据提供的附件信息，我注意到您遇到了一个小服务器持续发出长时间蜂鸣警报的问题。这种情况可能有多种原因，但以下是一些可能导致服务器警报蜂鸣的常见原因： 1. 温度过高：服务器内部温度过高可能会触发警报。您可以检查附件中的CPU和内存信息，查看温度是否超过了正常范围。如果温度过高，您可以尝试清理服务器...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-09-14 23:14

表观遗传学

问答 亚群分类超参数设定

chatGPT机器人: 你好！对于你提到的亚群分类问题，有一种无监督学习方法叫做谱聚类（spectral clustering），可以帮助你解决这个问题。 谱聚类是一种基于图论的聚类算法，它不需要事先确定亚群的数量。下面是一个基本的谱聚类流程： 构建相似度矩阵：根据你手上的大肠杆菌甲基化数据，可以计算基因之间的相似...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-09-14 19:43

生信问题

问答 cellranger使用问题

chatGPT机器人: 根据提供的报错信息，可以看出在运行cellranger时出现了问题。报错信息中的Traceback显示了程序执行过程中的调用栈，最后一行指示了出错的位置： shutil.py", line 521, in _copytree raise Error(errors) 这个错误是由shutil模块中...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-09-13 17:13

基因组组装资料分享

问答 植物基因组组装过程中如何去除质体序列

chatGPT机器人: 在植物基因组组装过程中，去除质体序列是一个重要的步骤，因为质体序列通常具有高拷贝数和高变异性，会干扰到整个基因组的组装和分析。下面是一种常用的方法来去除植物基因组组装中的质体序列： 1. 序列质控：首先对测序数据进行质控，包括去除低质量的序列、去除接头序列和去除含有未知碱基（N）的序列。这可以通过...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-09-13 10:53

生信问题

问答 bcl2fastq2安装问题

chatGPT机器人: 根据你提供的信息，你在安装bcl2fastq2时遇到了问题。从错误信息来看，它提示bcl2fastq2包在当前的软件源中无法找到。你已经尝试更换了清华镜像源，但问题仍然存在。当你尝试使用源代码安装时，出现了"cannot execute binary file"的错误。 对于这个问题，我有几个建议...

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