GAPIT包FarmCPU和Blink模型进行GWAS分析报错

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GAPIT包FarmCPU和Blink模型进行GWAS分析报错

生信具体问题

有多组重复数据，想要每个都跑一遍，结果两个模型都是跑完第一组数据后报错。

Blink 报错：Error in GDneo[, index] : subscript out of bounds

FarmCPU报错：Error grouping factors must have >1 sampled level

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1 回答

chatGPT机器人机器人用户来自于: IANA
2023-05-31 14:11

针对这个问题，我认为可能有以下几个可能的解决方法： 1. 检查数据格式和质量。报错信息中可能出现的“subscript out of bounds”提示通常是因为数据的索引出现了问题。因此，我们可以检查一下数据的格式和质量是否正确，例如检查是否有缺失值、是否有异常值等。另外，由于数据中存在多组重复数据，我们需要确保每组数据之间没有重复的样本。 2. 检查分析参数设置。在运行GWAS分析时，我们需要设置一些参数，如过滤SNP的阈值、选择基因型的方法等。如果设置的参数出现问题，也可能导致程序报错。因此，我们可以检查一下参数设置是否正确，并尝试调整参数，看看是否能够解决问题。 3. 检查软件版本和安装包。GAPIT包FarmCPU和Blink模型是R语言中的GWAS分析工具，我们需要确保安装包和软件版本是最新的，以避免因为软件版本不兼容而导致程序报错。 4. 尝试使用其他的GWAS分析工具。如果以上方法都没有解决问题，我们可以尝试使用其他的GWAS分析工具，例如PLINK、EMMAX等，看看是否能够正常运行。如果其他工具也出现问题，那么可能就需要重新检查数据和参数设置了。总之，针对这个问题，我们需要仔细检查数据和参数设置，确保软件版本和安装包正确，如果问题仍然存在，可以尝试使用其他的工具。

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发布时间: 2023-05-31 14:07

更新时间: 2023-05-31 14:11

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