minipeach 回复了问题 2018-09-19 20:38

生信入门 生信分析 生物信息学 生信问题

问答 关于基因间的相关性分析

minipeach: [attach]245[/attach] 这样的两个基因算相关性强吗？

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孟浩巍 回复了问题 2018-09-19 20:21

Limma 芯片数据分析

问答 求助 limma计算DEG最后结果中的调整p值没有小于0.01的怎么办。。。

孟浩巍: 我觉得，是不是能够找个有分析结果的数据，先看看你流程有没有问题。 1个显著的gene也没有，这个确实没有遇到过。

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孟浩巍 回复了问题 2018-09-19 15:55

RNASeq数据处理 cuffdiff

问答 关于cufflinks中cuffdiff的使用问题。

孟浩巍: 如果时间很长，我建议你先使用默认参数，然后使用十分之一的数据确定能够运行成功再说~~  能够成功运行以后，再扔后台慢慢跑就行了，-p参数是控制CPU个数的，多设置几个就行。

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孟浩巍 回复了问题 2018-09-19 13:53

miRNA

问答 问一个关于miRNA ID的问题

孟浩巍: 一般指版本号。

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孟浩巍 回复了问题 2018-09-19 08:35

芯片数据分析

问答 小麦660K芯片里，参考碱基那一列的A/C，哪个才是参考基因组的碱基？

孟浩巍: 一般情况下是 A/T 表示ref A 到 T有一个mutation

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孟浩巍 回复了问题 2018-09-18 22:03

sra文件解压缩

问答 双端测序的sra文件，经过fastq-dump --split-3，出现3个结果是什么原因？如下图

孟浩巍: 可能是提交数据的时候，单端和双端测序的数据混在一起了。 建议后续分析的时候可以只用双端。

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笨阿牛 回复了问题 2018-09-18 08:42

sra文件解压缩

问答 用ls *sra |while read id; do fastq-dump --split-3 $id;done命令，去解压缩sra文件，出现部分报错是什么原因？

笨阿牛: 已经解决了，用的是aspera

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孟浩巍 回复了问题 2018-09-17 21:43

富集分析

问答 如何计算富集分析里的差异倍数

孟浩巍: 这个东西吧，就是很简单的倍数关系啊。 比如背景值是 2000 / 10000, 你的富集结果 是 900/1000， 所以你的富集倍数是：   就是  （900 * 10000) / (2000 * 1000) = 4.5     

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孟浩巍 回复了问题 2018-09-17 21:13

基因组注释

问答 批量获得基因间区及内含子的突变距离最近的基因外显子的距离

孟浩巍: 如果是在R里面，可以考虑使用GenomicRange这个包（我之前的Bioconductor视频里专门介绍过），里面有一个求距离的函数。   所以你对每个突变位点，对每个gene的每个exon进行求距离，就可以找到最近的exon了。   intron的方式一样，只不过是需要先通过exon来生成int...

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海王坑 回复了问题 2018-09-17 19:53

hmmer lncRNA

问答 请问hemmer是否可以使用转录组搜索HMM库？

海王坑: ###############################谢邀 #hmmer是要用蛋白序列分析的，分析的目的是筛选lncRNA的话，用pfam的数据库  

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tennify 发起了提问 2018-09-17 17:58

差异表达

问答 limma中的Removing heteroscedascity from count data和拟合线性模型是什么意思？

代码如下：   #Removing heteroscedascity from count data v :

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xsp 回复了问题 2018-09-17 14:03

生信分析 生信问题

问答 关于ceRNA网络构建的后续分析有哪些？

xsp: 看文献啊，pubmed搜你网络里节点类型的关键词（例如mRNA，lncRNA，network），大把的文献可以参考。

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YDX 发起了提问 2018-09-14 16:24

肿瘤 cutoff选择

问答 一个cohort中，某基因count大于多少才有意义？

比如说百分之多少的样本count要大于某个值:

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Kevin_Lyu 回复了问题 2018-09-14 11:52

生信分析 生信问题

问答 请问cytoscape是怎么构建网络的？

Kevin_Lyu: cytoscape只是一个画网络图的软件，各个节点之间的关系是需要你自己输入的，获取关系的方法你可以是从数据库，也可以是你自己的实验。

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孟浩巍 回复了问题 2018-09-14 11:23

转录组

问答 对突变组和对照组的某基因表达量做T检验

孟浩巍: 最理想的情况下，比如TCGA的数据，是同时给了癌症组织和癌旁组织的数据，因此可以做队列t test； 你既然没有这样的数据，做个t test就行了。    但是肯定不如同时取样的效果好，估计也会被人diss。

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