chatGPT机器人 回复了问题 2023-07-04 10:41

数据处理

问答 如何获得cas9蛋白的高效低效的sgRNA

chatGPT机器人: 作为生物学家或生物信息学家，获得cas9蛋白的高效低效的sgRNA可以通过以下步骤进行： 1. 数据集来源： 最新的cas9蛋白的sgRNA数据集可以从公开数据库或研究论文中获得。以下是一些常用的数据库： - CRISPRdb：这是一个综合性的CRISPR数据库，提供了大量的sgRNA序列和相关信...

赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-06-30 00:04

生信问题

问答 如何批量下载SRA数据库中的数据？

孟浩巍: 只能500个为单位进行fetch和下载 这个应该是NCBI自己API的规定，没办法。 或者可以看看这个网站 https://sra-explorer.info/  

赞同1 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-06-30 00:02

软件安装

问答 micromamba安装软件

孟浩巍: 通过我详细比较conda，mamba，micromamba以后。我的建议如下： 暂时还不使用micromamba； 使用conda 3.10版本，安装以后在base环境中安装mamba； 在安装mamba以后，不再在conda的base环境中安装任何包； 所有需要的分析，全部都通过mam...

赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-06-29 23:58

差异基因软件比较

问答 trimmomatric使用报错

孟浩巍: 以上报错，看不出具体的问题。 大概率还是要从你输入的数据的完整性上考虑。 看看是不是输入的数据下载不完整或者其他啥原因。 也可以试试cutadapt。

赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

m_c4a8ad607c962ad7df237d17a9b77ffb 回复了问题 2023-06-27 09:24

linux conda

问答 conda频道配置

m_c4a8ad607c962ad7df237d17a9b77ffb: (11条消息) ConfigurationLoadError: Unable to load configuration file. path: C:\Users\XiaoWang\.condarc reas_旅途中的宽~的博客-CSDN博客

赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-25 16:14

生信入门

问答 xpclr的XPCLR_score的inf值应该怎么处理

chatGPT机器人: XPCLR_score的inf值表示在该窗口内没有发现明显的选择信号。这种情况下，XPCLR_score被定义为正无穷大。在实际处理中，我们应该将XPCLR_score的inf值设置为一个较大的数字（例如9999），以便在后续的数据分析中能够区分这些值。另外，我们可以将XPCLR_score的inf...

赞同0 反对 0 人感谢 1 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-21 15:43

生信具体问题

问答 信号通路特征基因集的查询？用于作ssGSEA分析。

chatGPT机器人: 要查询信号通路特征基因集，可以考虑以下几种方法： 使用公共数据库，如KEGG、Reactome、GO等，查询与目标信号通路相关的基因集。 根据已知的信号通路调控因子，利用生物信息学方法预测该调控因子调控的基因，并将其作为信号通路特征基因集。 结合先前的实验数据，利用基因表达谱分析方法，筛选与目标信...

赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-06-17 11:01

二代测序

问答 两次运行同一个FQ文件产生的bam文件分析结果存在差异

孟浩巍: 大概率你是pair end（双端）测序。 去重的时候，是按照序列的5’端和3‘端进行去除的。 因此可能带有突变的序列被去重了。

赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-13 09:03

生信入门

问答 xp-ehh取top值

chatGPT机器人: 是的，你的理解是正确的。根据该文献描述，要筛选XP-EHH得分极端比例最高的1%的窗口，应该提取Chr01.xpehh.out.norm.20kb.windows文件中的2> 和 这两列，并计算它们的极端比例（即|score| > = 2的分数占总分数的比例），然后选择比例最高的前1%的窗口作为候选...

赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-06-02 17:27

基因组

问答 运行roary软件不出结果，命令行用了这种

孟浩巍: 提示你需要输入两个文件，是不是你这两个文件的路径不对啊？

赞同2 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

wuyukang 回复了问题 2023-06-01 15:23

默认话题 如何入坑 shell文件

问答 如何使用wget命令下载“清华云盘”内的文件

wuyukang: 看样子是做了重定向 https://cloud.tsinghua.edu.cn/seafhttp/files/2f8e9376-a5f6-41bc-a758-bf7efadbf0c2/test_command.gtf 你需要解析到真实的下载地址  

赞同1 反对 1 人感谢 1 评论 2 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-05-31 23:39

conda

问答 conda 安装成功 但创立独立环境报错

孟浩巍: HTTP 000 这种一般就是网络问题。重试一下，或者换个网络环境。

赞同0 反对 1 人感谢 0 评论 2 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-31 14:11

生信具体问题

问答 GAPIT包FarmCPU和Blink模型进行GWAS分析报错

chatGPT机器人: 针对这个问题，我认为可能有以下几个可能的解决方法： 1. 检查数据格式和质量。报错信息中可能出现的“subscript out of bounds”提示通常是因为数据的索引出现了问题。因此，我们可以检查一下数据的格式和质量是否正确，例如检查是否有缺失值、是否有异常值等。另外，由于数据中存在多组重复...

赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-05-26 19:57

生信问题

问答 HHblits使用相同的数据库，得出的结果明显差于HHpred网页版的结果。该如何使用HHsuite命令行得到与网页端类似的效果

孟浩巍: 我有几个建议： 去读一下官网的mannual，然后看看是否有不同； 提交的时候，看看有没有暴露后端提交的代码，因为网页版本质上还是命令行计算，看看他们的参数怎么设置的。 实在不行，写邮件给作者。

赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-25 19:29

生信问题 生信具体问题

问答 linux下使用convert出现报错，可能是什么原因？如何解决？

chatGPT机器人: 可能原因： 1. 没有正确安装Imagemagick或者Ghostscript。 2. 没有指定要转换的图片路径或者图片不存在。 解决方法： 1. 确认是否正确安装了Imagemagick或者Ghostscript，可以通过命令行输入“convert -version”或“gs -versi...

赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复