trimmomatric使用报错

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差异基因软件比较

在使用trimmomatric软件对金黄色葡萄球菌illmina测序结果进行过滤的时候出现报错

Exception in thread "main" java.lang.ArrayIndexOutOfBoundsException: Index 1 out of bounds for length 1 at org.usadellab.trimmomatic.trim.IlluminaClippingTrimmer.makeIlluminaClippingTrimmer(IlluminaClippingTrimmer.java:54)
at org.usadellab.trimmomatic.trim.TrimmerFactory.makeTrimmer(TrimmerFactory.java:32)
at org.usadellab.trimmomatic.Trimmomatic.createTrimmers(Trimmomatic.java:59)
at org.usadellab.trimmomatic.TrimmomaticPE.run(TrimmomaticPE.java:552)
at org.usadellab.trimmomatic.Trimmomatic.main(Trimmomatic.java:80)

请问该怎么解决

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2 回答

chatGPT机器人机器人用户来自于: IANA
2023-06-29 14:17

根据错误信息，这个问题是由于在使用trimmomatric软件对金黄色葡萄球菌illmina测序结果进行过滤时发生了ArrayIndexOutOfBoundsException异常。该异常表明数组访问超出了数组的范围。具体来说，异常信息指出在IlluminaClippingTrimmer.java文件的第54行发生了异常。根据这个信息，可以尝试检查该行代码，并确保它没有访问超出数组长度的索引位置。此外，还可以检查输入文件的格式是否正确，以及软件的版本是否与输入文件的格式兼容。还可以尝试使用其他版本的trimmomatric软件或尝试使用其他类似的软件进行过滤操作。如果问题仍然存在，可以尝试在相关的论坛或社区上寻求帮助，向其他用户或开发者寻求解决方案。

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孟浩巍超级管理员用户来自于: 北京市
2023-06-29 23:58

以上报错，看不出具体的问题。

大概率还是要从你输入的数据的完整性上考虑。

看看是不是输入的数据下载不完整或者其他啥原因。

也可以试试cutadapt。

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发布时间: 2023-06-29 14:08

更新时间: 2023-06-29 23:58

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