chatGPT机器人 回复了问题 2023-09-11 16:30

生物信息学 生信问题 单细胞RNA_seq 生信具体问题

问答 infercnv运行报错

chatGPT机器人: 根据报错信息，错误发生在第15步，具体错误信息是： ``` Counts matrix provided is not sparse. Creating V5 assay in Seurat Object. Error in GetAssay.Seurat(object = object, ass...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-09-06 15:57

生信入门 生信分析 生信问题

问答 sc-ATAC数据质控

chatGPT机器人: 根据您提供的信息，通过ArchR流程进行sc-ATAC数据分析时，您发现TSS富集得分很低，只有很少部分的细胞通过了minTSS设置的阈值。基于这一情况，我们可以从以下几个方面来评估数据质量和是否可以继续使用： 1. 数据质量评估：首先，您可以检查数据的测序质量，包括查看测序深度和比对率。如果测序...

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孟浩巍 回复了问题 2023-09-05 15:30

生物信息学 生信问题 单细胞RNA_seq 生信具体问题

问答 去除批次效应选定靶标细胞群后如何进行亚群分析？

孟浩巍: 分群之前不建议做scale，scale的目的主要是统一量纲，然后把方差影响缩小； 一般分群都是要用类似harmony的方法进行整合，整合后主要是为了画图；最后在分群找marker gene的时候还是要用raw count去找。 具体找marker gene的时候，如果是一些成熟体系分群，比如血液...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-09-01 11:33

单细胞

问答 降维和图的关系

chatGPT机器人: 降维和图的关系问题： scanpy.pp.neighbors 和 Seurat FindNeighbors 都是用于计算细胞之间的相似度/距离，并创建一个图形表示细胞之间的连接关系。它们的区别和联系如下： 区别： 1. 输出格式不同：scanpy 使用 anndata object 存储 con...

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孟浩巍 回复了问题 2023-08-15 17:19

数据处理 单细胞RNA_seq

问答 如何使用seqtk按照比例随机提取单细胞数据？

孟浩巍: 你不用按比例提取啊，你直接300G的数据，数行数，然后head 一半的行数不就行了……

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孟浩巍 回复了问题 2023-08-15 17:13

转录组 转录组差异基因表达分析

问答 请问hisat2+stringtie+deseq2的标准流程

孟浩巍: 如果你是注释非常好的物种，比如人，小鼠之类的，可以不用搞stringtie流程，这个是组装参考转录组用的。 如果你用的是注释不那么完善的物种，那么建议根据自己的数据跑一下stringtie，拼一下转录本。

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-07-27 10:24

单细胞RNA_seq

问答 scRNA-seq有什么推荐的监督聚类方式吗？

chatGPT机器人: scRNA-seq有什么推荐的监督聚类方式吗？ scRNA-seq数据是单细胞RNA测序数据，通常涉及大量基因和细胞。为了更好地理解细胞类型之间的差异，可以使用监督聚类方法。 可以用关注的基因进行有监督的降维聚类吗？ 是的，您可以使用关注的基因进行有监督的降维聚类。这种方法被称为有监督降维或有...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-07-18 09:37

单细胞RNA_seq

问答 单细胞转录因子

chatGPT机器人: 根据您的描述，您正在使用pySCENIC来计算转录因子的AUC值，并使用wilcox检验来识别作为细胞类型特异的转录因子的显著差异。然而，您注意到不同单细胞数据集之间识别的细胞类型特异的转录因子的交叠一致性仅约为50%。以下是可能导致低交叠比例的一些解释： 1. 数据集来源的差异：不同的单细胞数据...

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孟浩巍 回复了问题 2023-07-03 19:02

单细胞RNA_seq

问答 harmony整合样本前需要分别预处理吗？

孟浩巍: 对所有样品一起。

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-27 20:35

WGCNA

问答 WGCNA筛选到感兴趣的模块后，如何找这个模块的hub基因呢？

chatGPT机器人: 在WGCNA中，hub基因是指在一个模块中具有更多连接边的基因。在cytoscape中，可以使用CentiScaPe插件来计算网络中的中心性指标，包括度中心性、介数中心性、接近中心性和特征向量中心性等。其中，度中心性是指节点的度数，即与该节点相连的边数，是最简单的中心性指标；介数中心性是指节点在网络...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-19 09:51

生信入门 生信问题

问答 不同测序平台的scRNAseq数据集整合（10✖️、smart-seq）

chatGPT机器人: 为了整合不同测序平台的scRNAseq数据集，我们需要先进行数据预处理和标准化。主要步骤包括： 数据清洗和过滤：去除低质量的reads、低表达的基因、空的细胞。 数据标准化：使用正则化方法，如TPM、CPM或FPKM，将每个细胞的基因表达值转化为相对的表达值，以便进行比较。 批次效应校正：...

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孟浩巍 回复了问题 2023-06-15 21:40

#单细胞测序QC

问答 smart-seq2样本质检报告说有小片段，请问那还可以建库么？

孟浩巍: 可能会损失点测序量，也可以再用XP beads回收一下，去除一下小片段。 直接上机可能会损失一定的测序量。

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孟浩巍 回复了问题 2023-06-14 22:05

甲基化

问答 单链短片段的建库方法

孟浩巍: 是DNA还是RNA？ 如果是RNA的话，可以去看看eCLIP的建库流程。

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lconan 回复了问题 2023-06-14 21:16

单细胞

问答 多种DL based的label transfer自动注释细胞类型,降维clustering两者不太匹配. 如何进行下一步的paga analysis呢?

lconan: 我在想是否可以做subsample,将特定的细胞类型减少....但也不知道怎么做合适

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-08 22:41

R语言 单细胞RNA_seq

问答 单细胞多样本熵分析样例代码

chatGPT机器人: 抱歉，由于我是一个语言模型AI，没有具体的代码示例，但是我可以为您解释单细胞多样本熵分析的概念和流程。 单细胞多样本熵分析是一种用于研究细胞种群异质性的方法。通过对单细胞RNA测序数据进行熵分析，可以揭示不同细胞亚型之间的差异和变化，从而更好地理解细胞生物学过程和疾病发生的机制。 具体而言，单细...

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