孟浩巍 回复了问题 2018-09-04 09:35

甲基化

问答 启动子区域甲基化位点选择

孟浩巍: 看你怎么计算了，如果你要计算的region正好包括两个点，那么取平均，取中位数，取最大值等等都可以，要看你说明的问题是什么。这里你简单处理的话，取平均就好。

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韩逸青 回复了问题 2018-09-03 14:47

生信入门

问答 生物信息学需要对哪些方面的数学知识进行深入研究

韩逸青: 好的 多谢孟神

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minipeach 回复了问题 2018-09-03 14:05

生物信息学

问答 想要提取指定基因的行信息

minipeach: name=`cat /home/Taoct_16/anaysis/ICM/deal/name_deal.txt` for dd in $name do         grep  $dd 5406.txt >> result1.txt done   这是我提取信息的脚本，其中name_deal.tx...

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minus_yao 回复了问题 2018-09-03 10:10

比对统计 sam文件 hisat2 转录组比对

问答 reads比对的统计

minus_yao: 可以用RseQC 软件中的脚本，是一个python包，有geneBody_coverage2.py, read_distribution.py, RPKM_saturation.py进行测序结果统计分析  

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窒息的杰克 回复了问题 2018-09-03 00:30

Gene ID转换

问答 关于gene id转换以及“org.Hs.eg.db"包（小剧场？）

窒息的杰克: 同意楼上推荐，Y叔的clusterProfiler确实是神包，做基因GO富集和KEGG分析时很方便。用birt函数就可以了

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孟浩巍 回复了问题 2018-09-02 10:52

生信入门

问答 【求助】如何确定时期特定表达基因

孟浩巍: 1. 如果想要确定，每个时期特定的差异表达基因，这个要做每个case对每个case的差异表达检验。这样就能求出每个不同处理对于ctrl的差异表达gene list；   2. 对这些gene list进行进一步的分析，看看不同gene的在不同时期的表达特点。   3. 还可以做个pca，然后看pca...

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孟浩巍 回复了问题 2018-09-02 10:33

kegg功能注释

问答 请问大家都是用什么做KEGG功能注释的呢

孟浩巍: 其实道理类似，就是先找到你这个物种geneA 对应的模式生物的geneB, 一般寻找的过程是blast。 然后再通过模式生物的geneB进行KEGG或者是GO分析。   blast2GO就是简化了这个过程，但是道理还是这么个道理。

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agct 回复了问题 2018-09-02 10:01

RNA_Seq定量

问答 featureCounts assigned reads率低，正常吗？

agct: [attach]80[/attach] 命令参数是这样

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Kevin_Lyu 回复了问题 2018-09-01 16:27

生信入门

问答 安装anaconda时conda命令无法起作用

Kevin_Lyu: 在运行结束后你有再次输入source ~/.bashrc吗？如果没有，输入运行之后在看看conda能不能使用，如果运行了可能是你环境变量没有添加成功，需要添加conda到环境变量中

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minipeach 回复了问题 2018-09-01 14:03

问题求解 heatmap

问答 画heatmap出现错误提示

minipeach: 你数据中有缺失值？

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雪饼 回复了问题 2018-09-01 08:09

数据库 NT库

问答 创建NT子库以及NT库提取特定物种分类的序列

雪饼: 我已找到解决办法，感谢关注的小伙伴

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孟浩巍 回复了问题 2018-08-31 20:01

GTEx

问答 GTEx项目的数据类型

孟浩巍: GTEx数据我有一点总结笔记，分享给你。   [b]## 基本信息[/b] 1. 网址 ```https://www.gtexportal.org/home/```   [b]## GTEx Data and Analysis FAQs[/b] 1. 数据下载     * 数据下载可以通过```ht...

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孟浩巍 回复了问题 2018-08-31 19:47

htseq

问答 htseq使用出现故障

孟浩巍: 提供一个解决问题的思路：   1. 确定你htseq调用的是哪个python，一般情况下是默认的python，所以直接用which python来确定； 2. 直接在终端运行python，之后import pysam，能成功以后即可。 3. 我猜测很可能是htseq调用的python和你用pip或者...

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笨阿牛 回复了问题 2018-08-31 13:24

生信软件包 R语言软件包安装

问答 linux系统下，R语言，安装软件包install.packages("units")，出现如下问题该如何解决？

笨阿牛: 谢谢[url=https://www.bioinfo.info/?/people/yym0924]契卡[/url]师兄！谢谢孟神！ 问题已经解决了！     不过这里还有一些小问题： 输入命令：[size=14]apt install ​libudunits2-dev[/size] [size=14...

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孟浩巍 回复了问题 2018-08-31 12:58

TCGA

问答 cox单因素分析问题

孟浩巍: 目前提供的TCGA数据都是RSEM

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