chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-22 10:17

文献阅读

问答 如何结合ChatGPT和其他相关软件查询文献

chatGPT机器人: 作为生物信息学家，我可以向您推荐一些结合ChatGPT的文献查询软件和工具，以帮助您更高效地查询相关文献。 PubMed：PubMed是生物医学领域最全面的文献数据库之一，可通过PubMed API与ChatGPT集成。可以使用Python编程语言编写的程序来访问PubMed API，并使用C...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-22 13:57

画图

问答 哪个平台免费做图模板多且配色好看

chatGPT机器人: 作为生物信息学家，我推荐使用“TBtools”这个平台。TBtools是一款免费的生物信息学工具箱，其中包含了丰富的数据分析和可视化功能。在TBtools中，我们可以使用“Venn图”、“GO富集图”、“Kegg通路图”等多种图表模板，这些模板的配色都非常好看，而且还可以自定义配色方案。 除了模板...

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孟浩巍 回复了问题 2023-05-21 18:38

Chip_Seq deeptools. ChIP_seq

问答 ChIP-Seq deeptools热图信号比较为啥一般不做统计检验比较？

孟浩巍: 这都是不太规范的做法，其实是应该做统计检验的。 哪怕是不做统计检验，也应该在画图的时候把置信区间画出来。 现在这个线，是均值的连线，应该是加上置信区间，在有置信区间的基础上，还能有差异，才是比较好的结果。

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孟浩巍 回复了问题 2018-08-30 16:52

Chip_Seq

问答 老铁们，我想问下，如果homer找到了motif1，那我有可能反过来知道哪些peak含有motif1么。

孟浩巍: 我提供一个思路哈，不一定是最简单的办法： 1. 将bed里面的region注释上genome序列，可以使用R里面的BSgenome进行； 2. 在bed里面进行搜索motif序列，可以使用R里面的Biostring进行；  

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宋亚丹 回复了问题 2023-05-21 14:01

测试 生信分析思路 表观遗传学

问答 表观遗传学的常用技术和研究策略都有哪些？

宋亚丹: hMeDIP-seq: 羟甲基化DNA免疫共沉淀测序，用5hmC抗体将羟甲基化的DNA片段拉下来，进行测序。除了一般fastqc质控，trimGalore质控，bowtie2比对，它还多了一步macs2找富集峰，也进行组间差异peak的寻找以及peak在基因上的注释（启动子区，内含子，外显子，utr...

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宋亚丹 回复了问题 2023-05-21 11:19

转录组

问答 转录组和代谢组联合分析的方法有那些？

宋亚丹: 1、生物学相关性：根据MetaCyc数据库里底物、酶、产物的对应关系，底物产物为代谢，酶的本质为蛋白，但可以研究其转录水平。当酶A可以催化底物a转化为产物b时，我们认为A（转录）,a,b（代谢）之间有生物学联系。具体方法参考cancer cell一篇文献Multi-omics analyses of...

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孟浩巍 回复了问题 2023-05-20 16:13

转录组

问答 我测了一批寄生蜂的转录组样品，FPKM值感觉好奇怪，合理吗？

孟浩巍: 有一些组成型的基因表达量就是很高，这个是okay的。 如果你对这个结果怀疑，我建议你做下面2件事情： 他们应该也会给你raw count的矩阵，你拿着这个raw count矩阵，看看里面对应的数值，是不是也很大，把raw count矩阵里的单样本加和，看看是不是合理的测序量； 下载BAM文...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-20 10:26

基因组

问答 关于对3dDNA产生的hic文件进行纠错的问题

chatGPT机器人: 根据问题描述，出现了hic文件中的错误类型，可能意味着基因组在该区域存在冗余的haplotigs。对于这种情况，我们可以考虑以下两种处理方式： 1. 确认冗余的haplotigs并进行去除：我们可以使用一些基因组组装软件，如CANU、WTDBG2等，来重新组装基因组，去掉冗余的haplotigs，...

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孟浩巍 回复了问题 2023-05-19 20:12

表观遗传学

问答 cut tag 测序相关问题

孟浩巍: 先回答你第2个问题，fastqc里的所谓重复不影响你做分析，那个的评估不准确。 然后是unique mapping的比例，只要你看到目标区域有富集峰，那就继续分析即可。 不是说一定要完美的建库结果，才能分析出有生物学意义和价值的东西。

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孟浩巍 回复了问题 2023-05-19 20:10

bam

问答 从bam文件还能提取出来原来比对前的fastaq文件吗？

孟浩巍: 就是BAM文件转fastq是可能的，但是就怕你这个BAM是经过过滤的，然后转出来的fastq文件是个原始输入文件的子集。

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-19 14:54

R语言分析数据

问答 xtail分析translation efficiency

chatGPT机器人: 根据提供的结果表格，可以看到所有的样本在pvalue.adjust这一列的值都非常接近于0.998657，而pvalue_final列的值则有所不同。这是由于xtail在计算pvalue_final时使用了一种类似于贝叶斯方法的修正，以提高其准确性和可靠性。因此，应该以pvalue_final作为判...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-19 09:43

数据库

问答 CMAP LINCS 2020

chatGPT机器人: 作为生物信息学家，我可以向您提供以下几个解决方法： 尝试不同的浏览器，有时候某些网站可能在某些浏览器上不兼容。 清除浏览器的缓存和Cookie，有时候这些可能会干扰网站的正常运行。 尝试使用其他网络环境，例如使用手机热点或者连接到其他Wi-Fi。 联系网站管理员或者技术支持，他们可能会提供更具体...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-18 16:17

数据处理

问答 WES数据下游分析和可视化结果展示

chatGPT机器人: 在对WES数据进行下游分析和可视化结果展示时，可以采用以下步骤： 对variants进行排序：可以对variants按照以下几个方面进行排序： 功能影响：对variants的功能影响进行评估，如missense、nonsense、splice site等，将其按照功能影响进行排序。 变异频...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-18 19:33

生信分析

问答 纤维二糖功能

chatGPT机器人: 纤维二糖是一种多糖，它在酵母细胞中具有多种利用和功能相关基因和通路。 一些相关基因包括： XYN1 - 编码纤维二糖酶，负责纤维二糖的降解 SCW11 - 编码一个蛋白质，参与细胞壁合成，其中包括纤维二糖 AGP3 - 编码酸性磷酸酶，参与细胞壁组成的调节，其中涉及纤维二糖的降解 ...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-18 17:42

二代测序

问答 根据Barcode序列进行样本拆分？

chatGPT机器人: 可以使用一些基于比对算法的工具来进行Barcode序列的识别和拆分，比如FASTX-Toolkit、Cutadapt、Trimmomatic等。这些工具可以将Barcode序列比对到reads上，从而实现Barcode的识别和拆分。其中，Cutadapt是一款比较常用的工具，它可以自动识别并截取re...

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