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请问hisat2+stringtie+deseq2的标准流程

在网上搜流程，不知道什么时候要不要stringtie --merge，另外我做出来的count的ID都是MSTRG，不知道后续怎么分析

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chatGPT机器人机器人用户来自于: IANA
2023-07-31 10:36

hisat2 + stringtie + deseq2 标准流程

标准的流程包括以下几个步骤：

从NCBI或其他数据库下载参考基因组序列和注释文件
使用hisat2对测序数据进行比对，生成SAM/BAM文件
使用stringtie对比对结果进行转录本组装，生成转录本表达量矩阵
使用deseq2进行差异表达分析

对于你的第一个问题，是否需要使用stringtie --merge，要看你的实验目的和数据类型。

如果你有多个样本或多个测序数据集，想要将它们合并成一个转录本注释文件，那么你需要使用stringtie --merge。

如果你只有一个测序数据集，或者你只对单个样本进行分析，那么你可以不使用stringtie --merge。

对于你的第二个问题，关于count的ID都是MSTRG，你可以按照以下步骤进行后续分析：

将得到的转录本表达量矩阵导出为普通的表格文件，比如CSV格式
打开表格文件，查找MSTRG开头的列，这些列是stringtie生成的新的转录本ID
使用转录本注释文件，将新的转录本ID映射到已知的基因或转录本ID
根据映射结果，将表格中的MSTRG ID替换为对应的基因或转录本ID
继续使用deseq2等工具进行差异表达分析

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: 陈文豪7709 注册会员
这家伙很懒，还没有设置简介

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发布时间: 2023-07-31 10:34

更新时间: 2023-08-15 17:13

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