如何按一个列表对基因型文件进行过滤，剔除不需要的样本？

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GAPIT包导出的GWAS结果如何添加新的阈值线？以及GAPIT的结果文件中的nobs、H&B.P.Value、Effect分别是什么意思？

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x <- x[keep.exprs,, keep.lib.sizes=FALSE] 请问一下这条命令该如何解读呢？

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如果在基因组中鉴定到病毒序列，如何从生信角度判断它是EVEs还是HGTs

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在riboseq分析中，如何对没有起始密码子和终止密码子的转录本进行三碱基准确性分析？

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linux条件下，如何只删除文件夹

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如何方便快捷地批量重命名qiime2做出的ASV号？

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如何批量下载SRA数据库中的数据？

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linux 中less -S 如何查看过长被遮盖的内容

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如何使用wget命令下载“清华云盘”内的文件

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问 当LIMMA计算计算结果中的调整P值都大于0.05时，可否使用p值<0.05+fc>2来筛选差异表达基因？

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问 小麦660K芯片里，参考碱基那一列的A/C，哪个才是参考基因组的碱基？

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问 安捷伦（Agilent）的数据处理软件Feature Extraction Software的默认的数据标准化的算法是什么？最后得到的值是否做了log2处理？是否是RMA或者MASS的一种？

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问 关于affy芯片Affymetrix Human Genome U133 Plus 2.0 Array的注释文件，为何GEO、affy官方与Bioconductor的注释数据有差别？

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问 基因表达芯片的分类问题

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问 请问芯片数据分析的一般流程及涉及的常用算法？

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问 芯片数据去除批次效应一般用什么软件 如何操作？

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问 Affy包中的MAplot函数的作用是什么？画出的MAplot图如何解读？为何要进行MAplot检查？

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问 使用MAS5.0处理过的芯片数据，能不能直接取对数后用limma包找差异表达基因，为什么不能？

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问 在很多分析表达谱芯片的教程中，使用limma 包寻找差异表达基因，都是先找到差异表达探针，再把探针注释为基因id，为何不先进行注释再计算差异表达呢？这两种方法有什么区别呢？

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