cafe 结果可视化如何操作？

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如何处理fastqc报告中duplication level报错的问题

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进行转录组数据分析时，进行cuffdiff后的输出文件gene_exp.diff中，一个基因出现了两个不同的表达量数据，应该如何处理？

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【求助】如何确定一种基因ID的类型

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SOAPdenovo-Trans 组装的 contig 如何获得 gene_trans_map

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RNA-seq不同样本多个生物学重复不同处理条件下的如何找差异基因

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x <- x[keep.exprs,, keep.lib.sizes=FALSE] 请问一下这条命令该如何解读呢？

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人源细胞系ATAC-seq比对率较低，显示支原体污染，如何处理？

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3D基因组里，如何分清compartment、TAD和chromatin loop

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linux下使用convert出现报错，可能是什么原因？如何解决？

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问 在很多分析表达谱芯片的教程中，使用limma 包寻找差异表达基因，都是先找到差异表达探针，再把探针注释为基因id，为何不先进行注释再计算差异表达呢？这两种方法有什么区别呢？

2013 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 芯片数据去除批次效应一般用什么软件 如何操作？

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问 Affy包中的MAplot函数的作用是什么？画出的MAplot图如何解读？为何要进行MAplot检查？

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问 基因表达芯片的分类问题

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问 请问芯片数据分析的一般流程及涉及的常用算法？

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问 使用MAS5.0处理过的芯片数据，能不能直接取对数后用limma包找差异表达基因，为什么不能？

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问 安捷伦（Agilent）的数据处理软件Feature Extraction Software的默认的数据标准化的算法是什么？最后得到的值是否做了log2处理？是否是RMA或者MASS的一种？

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问 关于affy芯片Affymetrix Human Genome U133 Plus 2.0 Array的注释文件，为何GEO、affy官方与Bioconductor的注释数据有差别？

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问 当LIMMA计算计算结果中的调整P值都大于0.05时，可否使用p值<0.05+fc>2来筛选差异表达基因？

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问 小麦660K芯片里，参考碱基那一列的A/C，哪个才是参考基因组的碱基？

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