如何在差异表达前消除批次效应

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知道一批基因的具体位置，如何批量的从基因组中取出基因序列？

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riboseq中frame指的是什么，是如何确定的，通过riboseq如何知道一个基因的开放阅读框

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WGCNA筛选到感兴趣的模块后，如何找这个模块的hub基因呢？

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ciriRNA表达量如何计算？

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如何判断GO号的层级？

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多种DL based的label transfer自动注释细胞类型,降维clustering两者不太匹配. 如何进行下一步的paga analysis呢?

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如何下载指定文献的原始数据？？

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R基础绘图问题-柱状图加误差线及T测验显著性星号，映射问题如何解决？

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如何获得cas9蛋白的高效低效的sgRNA

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问 基因表达芯片的分类问题

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问 安捷伦（Agilent）的数据处理软件Feature Extraction Software的默认的数据标准化的算法是什么？最后得到的值是否做了log2处理？是否是RMA或者MASS的一种？

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问 小麦660K芯片里，参考碱基那一列的A/C，哪个才是参考基因组的碱基？

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问 当LIMMA计算计算结果中的调整P值都大于0.05时，可否使用p值<0.05+fc>2来筛选差异表达基因？

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问 在很多分析表达谱芯片的教程中，使用limma 包寻找差异表达基因，都是先找到差异表达探针，再把探针注释为基因id，为何不先进行注释再计算差异表达呢？这两种方法有什么区别呢？

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问 请问芯片数据分析的一般流程及涉及的常用算法？

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问 关于affy芯片Affymetrix Human Genome U133 Plus 2.0 Array的注释文件，为何GEO、affy官方与Bioconductor的注释数据有差别？

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问 芯片数据的批次效应 对 差异表达基因的计算结果 影响大不大？

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问 表达谱芯片的类型及每种类型能够测定的基因数量如何查询？有没有网站进行过总结？

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问 使用MAS5.0处理过的芯片数据，能不能直接取对数后用limma包找差异表达基因，为什么不能？

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