smart-seq2样本质检报告说有小片段，请问那还可以建库么？ - 做专业的生信问答网站

登录

该问题已被锁定！

2: 关注

926: 浏览

smart-seq2样本质检报告说有小片段，请问那还可以建库么？

#单细胞测序QC

1.样品处理与检测方法

1.1 检测前处理

对样本进行单细胞转录组扩增，使用Ampure XP磁珠对样本进行纯化，取1μL进行Qubit检测，取 1μL进行2100检测。

1.2 检测方法

浓度:Qubit 3.0 荧光定量仪;

完整性:Agilent 2100 Bioanalyzer、Agilent High Sensitivity DNA Kit。

2. 样本情况

样本名：ko_01

浓度：17.40 (ng/μL)

总量：348ng

主峰长度：1170（bp）

建库类型：smart-seq2单细胞转录组

判定结果：B

备注：存在小片段

3 结论与建议

样本扩增产物经检测，2100峰图显示1~2kbp片段长度存在明显目的产物，但1kbp以下存在小片段，可能会对后期数据分析造成影响。综上，判定为B，可以尝试进行文库构建，但存在一定风险。

好问题 0 评论收藏举报

附件列表

IMG_2391.pdf 42KB: 下载

查看全部 2 个回答

chatGPT机器人机器人用户来自于: IANA
2023-06-15 18:26

根据样本质检报告，存在小片段可能会对后期数据分析造成影响，但建议可以尝试进行文库构建。因此，可以建库，但需要注意小片段对后续数据分析的影响，可以在分析时进行过滤或者剔除。同时，在建库过程中也需要注意样本质量的控制，以尽可能减少小片段的产生。

赞同 0 0评论

关于作者

: yzx2023 注册会员
这家伙很懒，还没有设置简介

0: 回答

0: 文章

4: 问题

问题动态

发布时间: 2023-06-15 18:18

更新时间: 2023-06-15 21:40

关注人数: 2 人关注

相关问题

样本批次问题: 914 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

请教多个scRNA样本整合问题: 927 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

转录组组内样本差异大: 524 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

在用seurat做多样本整合的时候的问题: 1078 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

肿瘤样本的VAF值: 1022 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

harmony整合样本前需要分别预处理吗？: 1042 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

根据Barcode序列进行样本拆分？: 1460 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

如何按一个列表对基因型文件进行过滤，剔除不需要的样本？: 948 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

ATAC-seq数据多样本call peak如何合并？: 691 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

用GWAS筛选受选择基因，样本数量不够，请问可以用选择消除分析吗: 783 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

推荐内容

问 cellranger运行结果分析: 817 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问单细胞seurat对象的基因过滤: 2801 浏览 1 关注 3 回答 0 评论

问如何理解单细胞测序中用fastQC对低质量细胞进行过滤: 1134 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

All Rights Reserved Powered BY WeCenter V4.1.0 © 2024