问题1：根据文献中的描述，当bowtie2比对结果中存在多个等价的best alignment时，随机选取一个alignment进行报告。bowtie2默认情况下并不提供直接的参数来实现这一功能，但可以通过以下步骤来实现： 1. 运行bowtie2进行比对。 2. 使用samtools工具将bowtie2的比对结果转换为BAM格式。 3. 使用Picard工具的MarkDuplicates功能，对BAM文件进行去重复操作。此操作会根据比对信息中的坐标信息，将等价的best alignment进行去重。 4. 对去重后的BAM文件进行后续的TE分析或其他分析。 问题2：在双端测序中，aligned concordantly的reads和samtools中报告的properly paired reads是有区别的。 - aligned concordantly的reads指的是在bowtie2比对中，两个paired-end reads都成功比对到参考基因组，并且满足比对策略的条件。 - samtools中的properly paired reads是指在整个比对过程中，两个paired-end reads在比对结果中被标记为properly paired（比如flag中的0x2位被设置）的reads。 所以，aligned concordantly的reads是属于properly paired reads的一个子集。aligned concordantly的reads表示两个reads都成功比对到参考基因组，而properly paired reads则表示在整个比对过程中，两个reads满足了比对策略的条件。 请注意，HTML富文本格式在此处无法正常显示，但我已经为您提供了所需的答案。

1. bowtie2 应该都是选best；
2. 一个意思