该问题已被锁定!
2
关注
1670
浏览

celseq2转换单细胞原始数据

查看全部 2 个回答

liuzj039 注册会员 用户来自于: 广东省
2023-06-06 11:18

你倒是说一声你用什么跑的啊。

Starsolo,UMItools什么都能跑。

我之前用的celseq2他们自己的pipeline,https://github.com/yanailab/celseq2。拿到的就是每个Library的csv格式或者pandas h5格式的mtx,直接正常读取就行。 

关于作者

Han1024 注册会员

这家伙很懒,还没有设置简介

问题动态

发布时间
2023-05-29 16:18
更新时间
2023-06-06 11:18
关注人数
2 人关注

相关问题

chromosome名称转换
关于gene id转换以及“org.Hs.eg.db"包(小剧场?)
单细胞多样本熵分析样例代码
单细胞monocle3,路径很不对,有什么参数是值得调的吗
​单细胞RNA-seq,如何计算不同cluster之间的相关性
单细胞seurat对象的基因过滤
你好chatGPT,可以提供包含双细胞去除的单细胞分析完整流程吗?
如何理解单细胞测序中用fastQC对低质量细胞进行过滤
如何快速将基因名称转换为基因ID(拟南芥)
单细胞RNA-seq分析流程

推荐内容

在做RNA Velocity的时候增殖细胞群总是起点
整合scRNA和scATAC相关问题请教
Monocle3绘制自定义轨迹错误
单细胞转录因子
使用seurat包,导出特定cluster的细胞-基因counts矩阵。出现问题
单细胞seurat对象的基因过滤
运行harmony后counts数变成小数
seurat中如何通过坐标/细胞名删掉细胞
singularity查到不到指定输入文件位置
samtools view筛选cellranger比对结果
All Rights Reserved Powered BY WeCenter V4.1.0 © 2025