转录组组内样本差异大

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在仅有每个样本(有3个repeat)所有转录本的fpkm的情况下，如何利用cuffdiff进行差异基因分析。

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转录组数据样本聚类结果不理想

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转录组

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转录组和代谢组联合分析的方法有那些？

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考研生物信息学院校推荐

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snippy calling 微生物snp

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我测了一批寄生蜂的转录组样品，FPKM值感觉好奇怪，合理吗？

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如何根据转录组数据得到新转录本？如何验证一个基因的多个转录本？

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RNA-seq分析，rlog需要生物学重复才行？有别的Normalization方法吗？

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问 几个酶有许多共同基因，这些酶产物之间存在什么关系

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问 我测了一批寄生蜂的转录组样品，FPKM值感觉好奇怪，合理吗？

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问 进行转录组数据分析时，进行cuffdiff后的输出文件gene_exp.diff中，一个基因出现了两个不同的表达量数据，应该如何处理？

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问 HISAT2建立索引

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问 二代转录组去除批次效应

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问 log2(fold_change)可以用来做热图吗？遇到想要表达的目的基因log2(fold_change)值为0时，怎么办？

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问 ciriRNA表达量如何计算？（更）

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问 菌侵染植物的转录组分析中，若菌的一个基因在当前时间没有引起植物基因的变化，过了三个小时后才引起植物基因的变化，如何分析这种现象或如何将这一类基因关联起来，有没有类似的文献推荐？

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问 如何根据转录组数据得到新转录本？如何验证一个基因的多个转录本？

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问 请问hisat2+stringtie+deseq2的标准流程

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