进行转录组数据分析时，进行cuffdiff后的输出文件gene_exp.diff中，一个基因出现了两个不同的表达量数据，应该如何处理？

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请问hisat2+stringtie+deseq2的标准流程

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基因symbol注释GEO芯片时，如何把mRNA和lncRNA分别标注出来？

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请问如何查询某基因的详细的Biological Function？

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3D基因组里compartment里一般是包含好多TAD的，但这图为什么compartment数量比TAD多这么多呢

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GEO数据芯片数据基因名转换

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在很多分析表达谱芯片的教程中，使用limma 包寻找差异表达基因，都是先找到差异表达探针，再把探针注释为基因id，为何不先进行注释再计算差异表达呢？这两种方法有什么区别呢？

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一般报告基因组某个碱基突变是指正链还是负链

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使用MAS5.0处理过的芯片数据，能不能直接取对数后用limma包找差异表达基因，为什么不能？

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请问大家都是用什么做KEGG功能注释的呢

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问 安捷伦（Agilent）的数据处理软件Feature Extraction Software的默认的数据标准化的算法是什么？最后得到的值是否做了log2处理？是否是RMA或者MASS的一种？

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问 Affy包中的MAplot函数的作用是什么？画出的MAplot图如何解读？为何要进行MAplot检查？

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问 如何判断一篇CHIPseq的文章用的是hg19还是hg38

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问 在很多分析表达谱芯片的教程中，使用limma 包寻找差异表达基因，都是先找到差异表达探针，再把探针注释为基因id，为何不先进行注释再计算差异表达呢？这两种方法有什么区别呢？

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问 基因表达芯片的分类问题

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问 求助 limma计算DEG最后结果中的调整p值没有小于0.01的怎么办。。。

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问 关于affy芯片Affymetrix Human Genome U133 Plus 2.0 Array的注释文件，为何GEO、affy官方与Bioconductor的注释数据有差别？

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问 芯片数据去除批次效应一般用什么软件 如何操作？

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问 芯片数据的批次效应 对 差异表达基因的计算结果 影响大不大？

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问 小麦660K芯片里，参考碱基那一列的A/C，哪个才是参考基因组的碱基？

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