我要做两个组的 DE analysis，现在手中只有两个组各自组装的转录本（Trinity组装）。我已经找到了两个组所有转录本各自的对应关系。
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但是，我陷入了深思，即，我该如何标准化。
1.显然，因为我是对两个组分别组装的，所以转录本的长度不一，所以，我不能利用那些不考虑转录本长度的 DE analysis 方法，故，edegR、DESeq2这种基于TMM的方法莫要再提。
2.因为我是无参的，那些ballgown、cuffdiff这之类的方法对我都很不友好。=============分割线===============
所以问题来了
1.基于cuffdiff是否直接可以利用，他那些不友好的输入文件步骤是否可以跳过（我是无参的，没有gtf什么的，但是讲道理，我的组装结果我认为都是‘转录本'）。
2.是否还有其他DE analysis软件能实现我的目的(如题目所示)
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