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如何筛选小鼠lncRNA?

目前在处理小鼠的胚胎时期数据，通过tophat2和cufflink、cuffmerge之后得到各个样本的gtf文件，我该如何知道哪些是lncRNA呢？在网上查询到的解答是通过CPC等软件进行预测，但是实验室的师兄告诉我小鼠的lncRNA已经被注释的差不多了，预测出来的不准，我下一步该如何挑出已知的lncRNA啊？求助！

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孟浩巍超级管理员用户来自于: 北京市
2018-09-12 09:21

lncRNA 在一些物种里已经注释很多了，比如human，比如mouse。我觉得比对的时候选择Ensembl的注释文件可能会更好，因为里面注释和很多lncRNA。同时，你需要关注一些lncRNA的database： [url]http://www.noncode.org/[/url] [url]http://www.lncrnadb.org/[/url]

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发布时间: 2018-09-12 00:19

更新时间: 2018-09-12 09:21

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