三代测序使用进行gmap比对

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Bowtie2使用中遇到的内存不足问题

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使用tophat2和bowtie1寻找环形RNA时报错

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grep 能不能指定匹配第多少列？

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在使用cutadapt出现了看不懂的报错，使用snakemake编写的代码和报错的log文件内容放在下面，希望大神解惑帮忙看看是出现了什么问题？

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在N-W算法中，为什么忽略了从x状态道y状态的转化（xi对应到一个空位到yi对应一个空位的转化）

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HHblits使用相同的数据库，得出的结果明显差于HHpred网页版的结果。该如何使用HHsuite命令行得到与网页端类似的效果

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有关Termius的使用

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Liux中gtftk closest_genes怎么使用？

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关于scrublet的使用

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问 如何判断一篇CHIPseq的文章用的是hg19还是hg38

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问 安捷伦（Agilent）的数据处理软件Feature Extraction Software的默认的数据标准化的算法是什么？最后得到的值是否做了log2处理？是否是RMA或者MASS的一种？

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问 芯片数据去除批次效应一般用什么软件 如何操作？

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问 在很多分析表达谱芯片的教程中，使用limma 包寻找差异表达基因，都是先找到差异表达探针，再把探针注释为基因id，为何不先进行注释再计算差异表达呢？这两种方法有什么区别呢？

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问 当LIMMA计算计算结果中的调整P值都大于0.05时，可否使用p值<0.05+fc>2来筛选差异表达基因？

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问 关于affy芯片Affymetrix Human Genome U133 Plus 2.0 Array的注释文件，为何GEO、affy官方与Bioconductor的注释数据有差别？

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问 求助 limma计算DEG最后结果中的调整p值没有小于0.01的怎么办。。。

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问 请问芯片数据分析的一般流程及涉及的常用算法？

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问 表达谱芯片的类型及每种类型能够测定的基因数量如何查询？有没有网站进行过总结？

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问 基因表达芯片的分类问题

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