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关于tophat2 + cufflinks 得到的差异基因和featureCounts差异基因数目相差太大原因

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孟浩巍 超级管理员 用户来自于: 北京市
2018-09-08 21:01
我建议: cuffdiff结果里面满足下面3个条件的算显著基因: 1. sample1 FPKM 或者 sample2 FPKM至少有1个大于1; 2. log2foldchange 的绝对值大于1; 3. qvalue < 0.05;   DESeq2 或者 edgeR的结果中满足下面3个条件 算显著基因; 1. sample1 read count 或者 sample2 read count至少有1个大于10条; 2. log2foldchange 的绝对值大于1; 3. qvalue < 0.05;   然后把这两个gene list做overlap再做比较。

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qliu 初级会员

这家伙很懒,还没有设置简介

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发布时间
2018-09-08 20:49
更新时间
2018-09-08 21:01
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