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如何理解单细胞测序中用fastQC对低质量细胞进行过滤
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如何理解单细胞测序中用fastQC对低质量细胞进行过滤
#单细胞测序QC
求教大大,在看单细胞测序的文章中,QC部分会提出一些metrics对低质量细胞进行过滤,但是如何将这些metrics与fastQC给出的报告结合在一起呢?这些metrics参数可以在fastQC中进行设定吗?
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孟浩巍
超级管理员
用户来自于: 北京市
2018-09-05 09:19
是这样滴,FastQC只能生成质量报告,不能够设置参数进行处理。 你这里面提到的mapping ratio,mapping gene ratio等等都需要自己再后续计算,和FastQC关系不大。 我建议你看一下我们之前zhihu专栏里写的关于FastQC的报告解读。 另外,单细胞现在有各种完整的工具包去做这些事情,不用担心,现在都已经流程化了。
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馒头馒啊馒
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这家伙很懒,还没有设置简介
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发布时间
2018-09-05 09:13
更新时间
2018-09-05 09:19
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