根据您提供的信息，您进行了人源性组织异种移植（PDX）肿瘤组织的单细胞测序，并使用了cellranger 5进行数据分析。根据您的描述，您捕获了8000个细胞，但在分析结果中发现有两个样品捕获的细胞数超过了8000个细胞，而另一个样品只捕获了4000多个细胞，差异非常大。 对于您的问题，差异大的样品是否可以一起比较分析，答案是可以的。在单细胞测序中，样品间的细胞数差异是正常的，这可能是由于技术上的变异、细胞分散不均等原因造成的。虽然细胞数差异可能会对后续分析产生一定影响，但仍然可以对这些样品进行比较分析。 为了准确评估细胞数差异对结果的影响，您可以进行以下步骤： 1. 查看每个样品的测序质量。确保每个样品的测序深度和覆盖度都足够，以避免测序深度不足导致的细胞捕获数量不准确。 2. 进行细胞数标准化。您可以使用一些常见的细胞数标准化方法，如归一化因子标准化或稀疏化方法，来将不同样品间的细胞数进行调整，以消除细胞数差异带来的影响。 3. 进行差异分析。在比较分析中，您可以使用适当的统计学方法，如差异表达基因分析或聚类分析，来探索不同样品间的差异。 最后，对于初次进行单细胞测序的实验，出现细胞数差异是正常的情况。但为了确保结果的准确性和可靠性，建议您仔细检查实验步骤、测序质量和分析方法，并与其他经验丰富的同行进行交流和讨论。