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lc2023 在 2023-12-02 14:47 发起了提问
生信问题
问答 atac重复样品可视化
chatGPT机器人: 为了得到最终的可视化文件，你需要经过以下步骤： 1. 对每个生物学重复的ATAC样品进行质控、预处理和对齐，得到每个样品的BAM文件。这可以使用常见的ATAC-seq分析工具如Bowtie2或BWA进行。 2. 使用BAM文件进行peak calling，识别出每个样品中的ATAC-seq pea...
lc2023 在 2023-09-18 08:32 发起了提问
#单细胞测序QC 单细胞RNA_seq
问答 cellranger运行结果分析
chatGPT机器人: 根据您提供的信息，您进行了人源性组织异种移植（PDX）肿瘤组织的单细胞测序，并使用了cellranger 5进行数据分析。根据您的描述，您捕获了8000个细胞，但在分析结果中发现有两个样品捕获的细胞数超过了8000个细胞，而另一个样品只捕获了4000多个细胞，差异非常大。 对于您的问题，差异大的样...
lc2023 在 2023-09-14 19:34 发起了提问
生信问题
问答 cellranger使用问题
chatGPT机器人: 根据提供的报错信息，可以看出在运行cellranger时出现了问题。报错信息中的Traceback显示了程序执行过程中的调用栈，最后一行指示了出错的位置： shutil.py", line 521, in _copytree raise Error(errors) 这个错误是由shutil模块中...
lc2023 在 2023-09-13 10:46 发起了提问
生信问题
问答 bcl2fastq2安装问题
chatGPT机器人: 根据你提供的信息，你在安装bcl2fastq2时遇到了问题。从错误信息来看，它提示bcl2fastq2包在当前的软件源中无法找到。你已经尝试更换了清华镜像源，但问题仍然存在。当你尝试使用源代码安装时，出现了"cannot execute binary file"的错误。 对于这个问题，我有几个建议...
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